追記していく予定。 読み込み mol load psf topology.psf for {set i 0} {$i < 40} {incr i} {mol addfile [format "production_run_%02d.dcd" $i]} 表示の追加 mol rep NewCartoon mol selection protein mol color SegName mol addrep top mol rep Licoric…

思いつくところから増やしていく。 Sun Grid Engine (SGE) TORQUE 富士通 説明 qstat qstat pjstat -E ジョブの様子 qhost qnodes pjstat --rsc ノードの様子 要確認 qstat -q pjshowrsc キューの様子 qsub -d . job.sh qsub -d . job.sh (デフォルト) カレ…

3次元空間で、原点を始点とするベクトル u を、原点を始点とする別のベクトル v に重ねる回転は無数にある。u, v に直交する軸で回転させるのが直感的かもしれないが、回転した後にさらに v を軸に任意に回転させることができる。また、原点を頂点として、u,…

大学に、電子ジャーナルにリモードアクセスするための SSL-VPN ゲートウェイがある。http://journal/web/site/article.pdf にアクセスするには、https://gateway/server/,targetURL=journal/web/site/article.pdf にアクセスすることになっている。これは、J…

sigma cutoff の濫用は、バイアスの原因となる。負の観測を切り捨てることで測定値を正にバイアスし、ノイズしかない場合でもシグナルがあるかのような統計値を生み出してしまう。このため、業界のコンセンサスとしては、-3 よりも大きくするのは良くないと…

test1.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" bash test2.sh $2 test2.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" を用意してテスト。 #bash test.sh 1 "2 3" arg1 1 arg2 2 3 arg1 2 arg2 3 となった。本当は、「残りの引数全部」を自然に次のプログラム…

R で oversampling / density modification による位相回復のデモを作った。実験的に得られた F とランダムな位相から始める。これを実空間に戻して、マスクをかけてからフーリエ変換する。得られた位相(hopefully improved) と実験的 F を組み合わせて、反…

awk にパイプして足し算しなくても、 du -hc folder1 folder2 などとすればよい。

スコットランド独立の住民投票が話題だが、ふとスコットランド語について調べた。 スコットランド語は、英語の一方言という解釈もあるくらい英語に近い。Wikipedia にもスコットランド語版がある。DNA について調べてみる。 Deoxyribonucleic acid (DNA) is …

本家をクローンして、私家版を GitHub で公開している。新しい開発環境でこの状態を復元した。 git clone https://github.com/biochem-fan/repo git checkout -b scaling origin/branch git remote add official git://official/repo git fetch git branch -…

日本語版 Wikipedia でスイスにあるブリエンツ湖の記事を見ると、 2001年に、体重 10,000 kgの魚が捕らえられた http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%96%E3%83%AA%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%83%84%E6%B9%96 とあり驚かされる。クジラほどではないにせよ、信じら…

私の精神状態は、2週間程度の周期で変動する。ここに書くエッセイは、たいてい「悪い」状態の時に書いている。良い状態の時には、論文を読むとかプログラムを書くとか、もっと生産的なことに集中できるし、書く記事も技術的なメモになるからだ。とはいえ、私…

研究者になることから挫折したと言ったが、学部時代、「研究」に憧れを持っていたころの思い出を書こう*1。2023/11/6 追記: この記事を書いて 10 年近くになり、相変わらずアカデミアにいるが、自分のアイデンティティは「新しいことを見つける研究者」では…

「下書き」に2年近く眠っていた記事を一気に放出。本記事はそれなりにまとまっているが、本日の他の投稿は全て未完。 はじめに 私は、何度も書いているように予期不安が強い。それに加えて不注意である。私が実験科学から脱落した一因はこういう生物学的特性…

しばしば実験系の研究者から「しょせんシミュレーションでしょ」という言葉を聞く。「このモデルでは○○の影響が考慮されていないじゃないか! 話にならない」などと言われる。実際、私も昔はそう思っていた。論文を見ても、実験による validation との一致率…

6/21 に Twitter に書いた事から再録。ウィルスの殼で見られる正二十面体対称性 icosahedral symmetry がやっと理解できた。幾何が苦手で、いつもすっきりしなかったのだ。 向かい合う面の中央を貫く3回軸が 20 / 2 = 10本 向かい合う頂点を貫いて5回軸が 12…

初等的な中心極限定理 CLT の説明では、i.i.d な(=共通の母分布から独立にサンプルした)確率変数の和について述べているが、条件を緩めて i.i.d を外すことができる。これがLyapunov 型 CLTである。構造因子の和が二次元正規分布になることを示すのに使うの…

単位胞の Fraunhofer 回折像は、フーリエ変換である。単位胞そのものは周期性を持たないので、フーリエ変換は連続である。空間に無限に広がる理想結晶は、単位胞とパルス列の畳み込みで表される。その回折像は、単位胞のフーリエ変換と、パルス列のフーリエ…

2016/05/04: 本記事は歴史的な意味で残してある。現在では、チュートリアル の通りに操作すれば処理できるし、SPring-8 の reverse phi も自動で認識される。DIALS の積分が、ついに SPring-8 BL41-XU のデータセットで完走できたのでメモ。 データブロック…

CrystFEL で指数付け・積分して得られた反射強度を、cctbx.xfel に含まれる cxi.postrefine でスケールしてみようとした。CrystFEL 付属の partialator がまだ experimental な段階であり、ほとんどのフレームで最適化が発散してしまうためだ。その理由は、…

cctbx.xfel に含まれる cxi.postrefine の使い方のメモ。たぶん世界初。 Indexing individual stills - cctbx_xfel が参考になる。インストール方法も、この wiki を参照のこと。 画像の変換 まず、画像を pickle 形式に変換する。 cxi.image2pickle *.img …

空間群 P3 における 120度回転の演算子が (-y, x - y) であるのが不思議であるという話を聞いた。私も同じことを昔思っていたが、別にどうということはない。分数座標で考えるからそうなるのである。 120 度の回転は、複素数で考えると となり、明らかにルー…

geheim は secret の意味。アニメ「龍ヶ嬢七々々の埋蔵金」のドイツ語圏での公式タイトルは "Nananas geheimnisvoller Schatz" geheimnisvoll = secret-full という感じ。 der Schatz: treasureder Geheimdienst: secret service der Dienst: (-e) officer d…

直接測定不能な Nref 種類のデータ がある。そこになんらかのノイズが加わったものを観測する。Nref 種類の対象を redundancy 回ずつ測定し、種類ごとに平均を取って真の値の推定値とする。これを2セット行い、セット間で推定値の相関係数を求めることで、推…

注意: 勉強中につき間違いがあったら教えてください。分子動力学法 molecular dynamic は、なんとなく分子がうにょうにょ動くのを見て楽しんだり、「シミュレーション中に A から B へ状態が遷移しました」と定性的に述べるだけが能ではない。はたして、何を…

某三文字の積分ソフトは、ユーザとしては好きだけど、ソースコードが公開されていないのがやはり気に入らない。パイプラインの一部として使うのはいいけど、それ自体の開発には関わりたくない。ccp4 や Phenix みたいに、academic 以外は有料という意味で「…

某所で job interview を受けてきた。研究テーマ的にはかなり合うのだが、自分の生活能力が低い(自炊できないから、職員食堂がないと困る)とか、生活リズムの変動に脆弱(頻繁な当直は無理)とか、ラボの「日本的なノリ」が気になる(「休日に皆でスポーツに行…

この一週間ほど絶不調である。ここ数ヶ月だって、もちろん波はあったけれど、刺激的な環境にいたため、「いまいち仕事がはかどらないな」という相はあっても、「悪い」というところまではいかなかった。今はすっかりいけない。どういけないか説明する元気も…

cctbx で直交座標系での対称操作を列挙する方法を訊かれて書いたコード。 from scitbx import matrix from cctbx import crystal # example is 4BWY symm = crystal.symmetry((197.725, 197.725, 562.576, 90, 90, 120), space_group="H32") uc = symm.unit_…

本記事はフランス語版 wikipedia の記事を利用しているため、CC SA とする。 Acta fabula EST est une locution latine qui signifie « la pièce est finie ». Elle annonçait, dans les théâtres romains antiques, la fin de la représentation et le mome…