あいかわらず一進一退の状態が続いている。調子が良い時にやりたいこと。 Acta D に出ていた SFX の de-twinning 方法を toy example で試す order-disorder twin のときにああいう反射になることを、シミュレーションで確認

調子が悪いときには、何事にもブレーキがかかる。つかの間、面白いと感じていても、「それが何になる?」という思いが到来する。難しい問題に取り組んでいても、「だから何だ?」と感じて、どうでも良くなってしまう。(このことは 以前 も書いた)先日は、自分…

相転移から踏みとどまり、なんとか良い状態を維持してきた。特に14日頃からは、久しぶりにプログラミングにものめり込めて、楽しかった。だが、そうやって良い相を延長できるのも、やはり10日ほどが限界らしい。18日ごろから徐々に具合が悪くなってきている…

7日に書いたように、悪い方へ転じそうだったのだが、なにかがうまい具合に働いて、8日の日曜日にはよい気分でコードを書いたり、本を読んだりしていた。このように、悪いほうへの相転移が起きそうなときに、何かのはずみに rescue されることがあって、それ…

電子顕微鏡による単粒子解析界隈でちょっとした騒ぎ(?)になっている事件がある。"Avoiding the pitfalls of single particle cryo-electron microscopy: Einstein from noise" (Richard Henderson, PNAS 2013) と、このページからリンクされている Related L…

相変わらずつながりの悪いバラバラとした文章の書きなぐりだが、いつまでも下書きに溜め込んでいても仕方がないので、公開してしまう。 最近感じている、「技術としては面白いけれど、結果自体には興味が持てない」感覚を、なんとか言語化しようと試みたが、…

前回 11/28 の記録で具合が悪そうなことを書いたが、11/30 あたりから回復し、今週は調子が良かった。Nature に出ていた TRPV チャネルの論文から cryoEM による単粒子解析の分解能向上に興奮し、GPCR workshop 2013 のプログラムを見て、arrestin との複合…

CrystFEL では、XDS に指数付けをさせることができる。原理としては、CrystFEL が発見したスポットリストを SPOTS.XDS として書きだして、それを JOB = IDXREF とした XDS に読み込ませて、結果を IDXREF.LP からパースしているだけ。1フレームごとに XDS を…

CrystFEL の git にある最新の実装では、論文に書いていない機能もいろいろ盛りこまれているようなので、調査したメモ。自分向けに書いているので、わかりにくい部分があればコメントで質問してほしい。GPL なソースコードを引用しているので、このエントリ…

CrystFEL における反射についてソースコードを読んだメモ。このエントリはGPLとする。コードはlibcrystfel/src/reflist.c である。反射は _refldata 型で表され、これを包む Relection 型の node が Reflist 型の赤黒木に格納されている。木には、同じ指数を…

CrystFEL におけるピークサーチについてソースコードを読んだメモ。このエントリはGPLとする。実際のワークフローでは、Cheetah などのより高速なソフトウェアで画像に反射が含まれる(hit) かどうかを判定し、hit だけを CrystFEL に食わせることになる。lib…