今回は XDS における最大の特徴、Kabsch transform の意味について説明する。論文の 2.3 節に対応する。Kabsch transform は、goniostat 座標系から reflection 座標系への変換である。これまでに出てきた検出器系や実験室系との変換と違い、この変換は局所…

前回(本記事公開時には未公開)、Kabsch 変換の意味について説明した。今回は、実装上の問題点について述べる。DIALS のレポジトリにある James の文章 が参考になる。逆空間の一点とKabsch 変換後の反射座標系での一点は、数学的には一対一に対応している。…

RELION の 2D / 3D classification で、iteration ごとに各クラスの割合がどう変化したかをプロットしたいと言われたので、スクリプトを作った。 for i in `seq 0 20`; do j=`printf %03d $i`; echo -n $j" "; relion_star_printtable run_it${j}_model.star…

DIALS を bootstrap.py からビルドしたあと、base/bin/pip を使って Jupyter notebook をインストールしても cctbx を import できない。環境変数を設定する wrapper となっている dials.python などと違い、PYTHONPATH や LD_LIBRARY_PATH が設定されていな…

スポット検出の話 が間に入ってしまったが、第 1 回に引き続き、Kabsch, Wolfgang. "Integration, scaling, space-group assignment and post-refinement" Acta Crystallographica Section D (2010): 133-144 の 2.2 節で述べられている反射条件を説明する。…

bash で定義した関数を呼び出すときには、() を付けない。プログラムを呼び出すときだって () を付けないのだから、当たり前といえば当たり前なのだが、もし () をつけてしまうとひどいことになる。 doit() { echo "I am doit()" } doit() echo 1 echo 2 doi…

作図に手間取っているので、予定を変更して、スポット検出アルゴリズムについて説明する。元ネタは Kabsch, Wolfgang. "Integration, scaling, space-group assignment and post-refinement" Acta Crystallographica Section D (2010): 133-144 の 2.5 節だ…

XDS の主要なアルゴリズムを手を動かして実装することを通じて、X 線回折のデータ処理について理解を深めよう。サンプルデータは Thaumatin / Diamond Light Source I04 user training を用いることにする。まず、XDS の座標系を学ぶ。nXDS は回転軸の概念が…

年を取ったのでなかなか Python が身につかない――などと言っているわけにもいかなくなってきたので、頑張る。iPython と notebook が便利らしいので、cctbx もここから使いたい。iPython 自体は apt-get install ipython ipython-notebook で入るのだが、こ…

h5py で既存の HDF5 ファイルを圧縮した。現状の HDF5 は、既存のデータセットを削除できない(論理的には削除できるが、その領域を再利用できないし、ファイルサイズが縮むこともない)ので、新たにファイルを作って、圧縮フィルタを通しながら書き込んでいく…

os.system は、サブプロセスの実行が終わるまでブロックする。& をつけるとブロックしない。Python のスレッドは、daemon フラグが立っていないと、それが終了するまで python インタプリタが残る。daemon フラグが立っていると、他のに合わせて自動で死亡す…

bash のシェルスクリプト内で background job を立ち上げた場合、最後に wait を入れないと、job の完了を待たずにスクリプトが終了してしまう。したがって、job も共倒れになってしまう。例えば、TORQUE を使って 30 並列で SHELXE の条件検討を行うスクリ…

Try 4989, CPU 4, CC All/Weak 33.8 / 11.4, CFOM 45.2, best 57.7, PATFOM 3.53から、CC を抽出するには、 grep "All/Weak" test_fa.lst | tr -s " " | cut -f8,10 -d" " | sed 's/,//' とする。awk だけでも書けるけど。R で 簡易プロットするには、 png("…

思いつくところから増やしていく。 Sun Grid Engine (SGE) TORQUE 富士通 説明 qstat qstat pjstat -E ジョブの様子 qhost qnodes pjstat --rsc ノードの様子 要確認 qstat -q pjshowrsc キューの様子 qsub -d . job.sh qsub -d . job.sh (デフォルト) カレ…

大学に、電子ジャーナルにリモードアクセスするための SSL-VPN ゲートウェイがある。http://journal/web/site/article.pdf にアクセスするには、https://gateway/server/,targetURL=journal/web/site/article.pdf にアクセスすることになっている。これは、J…

test1.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" bash test2.sh $2 test2.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" を用意してテスト。 #bash test.sh 1 "2 3" arg1 1 arg2 2 3 arg1 2 arg2 3 となった。本当は、「残りの引数全部」を自然に次のプログラム…

本家をクローンして、私家版を GitHub で公開している。新しい開発環境でこの状態を復元した。 git clone https://github.com/biochem-fan/repo git checkout -b scaling origin/branch git remote add official git://official/repo git fetch git branch -…

cctbx で直交座標系での対称操作を列挙する方法を訊かれて書いたコード。 from scitbx import matrix from cctbx import crystal # example is 4BWY symm = crystal.symmetry((197.725, 197.725, 562.576, 90, 90, 120), space_group="H32") uc = symm.unit_…

さっき Python で書いたやつ を、C で書きなおした。「さっき」といっても、この記事は1年近く下書きに眠っていた!! #include <stdio.h> #include <sys/socket.h> #include <sys/types.h> #include <netinet/in.h> int main() { int sock, conn; int socket_yes = 1; struct sockaddr_in server_addr, client_ad</netinet/in.h></sys/types.h></sys/socket.h></stdio.h>…

これも荒いが、下書きが増えすぎているので公開してしまおう。EMAN 氏の http://homepage2.nifty.com/eman/analytic/bibun.html を Maxima でなぞってみる。なお、実用的には以前の記事の方がはるかに簡単。 define(x(r,t,p), r*sin(t)*cos(p)); define(y(r,…

ワールド行列 Object3D.matrixWorld は、それ自身の matrix を含んだ変換である。更新を強制するには、 obj.matrixWorldNeedsUpdate = true; obj.updateMatrixWorld(); とすればよいはずだが、実際に render するまで更新されないことがある気配(詳細未確認)…

本記事の目的と注意 注意! 私は、NGS については amplicon sequencing の解析経験(しかも半年)しかない。本記事は、データを解析して、STAP論文(Obokata et al, Nature 2014. Article と Letter)に対して何らかの結論を導くのが目的ではない。これだけリード…

forward/backward algorithm は、HMMのパラメータ(初期確率、遷移行列、出力行列)と出力系列が与えられたときに、各ステップでの各内部状態の確率を求める。Viterbi algorithm は、HMMのパラメータ(初期確率、遷移行列、出力行列)と出力系列が与えられたとき…

久しぶりにやや精神の具合がよいので、昔のメモを復習しつつ公開。こんなことをして何になるのかという気持ちは拭えないが、もうどうでもよいのだ。crystal.symmetry は、結晶の格子定数と空間群を管理するクラス。ソースコードは cctbx/crystal/__init__.py…

以前所属していたラボで書いたプログラムの話をする。学問的な見所はほとんどないけれど、プログラマとしては愉快なタスクだったし、ラボの仕事の効率化に少なからず貢献できたと思っている。これらのプログラムは、今でもほぼ毎日使われているはずだ。エピ…

CrystFEL では、XDS に指数付けをさせることができる。原理としては、CrystFEL が発見したスポットリストを SPOTS.XDS として書きだして、それを JOB = IDXREF とした XDS に読み込ませて、結果を IDXREF.LP からパースしているだけ。1フレームごとに XDS を…

CrystFEL の git にある最新の実装では、論文に書いていない機能もいろいろ盛りこまれているようなので、調査したメモ。自分向けに書いているので、わかりにくい部分があればコメントで質問してほしい。GPL なソースコードを引用しているので、このエントリ…

CrystFEL における反射についてソースコードを読んだメモ。このエントリはGPLとする。コードはlibcrystfel/src/reflist.c である。反射は _refldata 型で表され、これを包む Relection 型の node が Reflist 型の赤黒木に格納されている。木には、同じ指数を…

CrystFEL におけるピークサーチについてソースコードを読んだメモ。このエントリはGPLとする。実際のワークフローでは、Cheetah などのより高速なソフトウェアで画像に反射が含まれる(hit) かどうかを判定し、hit だけを CrystFEL に食わせることになる。lib…

WebGL では、canvas 要素をテクスチャに使用できる。three.js の fragment shader は、中で gl_FragColor = gl_FragColor * texelColor としているので、ビルボード的なものを作るときは板ポリの色を 0xffffff にしておかないとダメ。どうせテクスチャ貼って…