注意: 勉強中につき間違いがあったら教えてください。分子動力学法 molecular dynamic は、なんとなく分子がうにょうにょ動くのを見て楽しんだり、「シミュレーション中に A から B へ状態が遷移しました」と定性的に述べるだけが能ではない。はたして、何を…

ドッキングシミュレーション等で、二つの分子表面の相補性の良さを計算することがある。Katchalski-Katzir algorithm では、これを FFT を使って高速に行う。三次元空間において、蛋白質Aの表面なら1,外部なら0という関数 を考える。同様に、蛋白質Bについて…

さきほど、正規分布する確率変数の和の分布について考察した。再生性により、正規分布の和も正規分布になるのであった。ガウス型の指数関数 については、他にも便利な性質がある。それが Gaussian product rule として知られるものであり、量子化学計算で役…

Inkscape では、パスの端に矢尻をつけることができる。例えば、下の図のように: [フィル/ストローク]パネルを出して(Shift+Ctrl+F)、[ストロークのスタイル] にある[始点マーカ]、[終点マーカ]を選択すればよい。マーカの色はストロークの色を反映しないよう…

今、構造生物学分野の論文を書いている。PyMOL のデフォルトでは、1つ目の蛋白質分子の cartoon 表示が緑色になる。側鎖やリガンドを stick で表示すると、炭素が緑で酸素が赤、窒素が青というおなじみの配色になる。こうして作った図を共著者に見せたら、赤…

Gromacs 4.6 は GPU カーネルを OpenMM から独立させてめちゃくちゃ早くなったらしい。GTC Express Webinar にある資料によると、6 thread + GTX Titan で GLIC channel が 15ns/day とか! 25K atom くらいの小さい系(explicit solvent, PME) だと、100ns/da…

昨日、メタボロームの人たちと話をした。血中代謝物を TMS で保護して測定しているようだった。その理由を調べた:「GC/MS, LC/MS のための誘導体化」小川茂, p.332-336, ぶんせき(2008) http://www.jsac.or.jp/bunseki/pdf/bunseki2008/200807nyumon.pdf‎