Linux
スウェーデンにある学術データベースに、数 TB に及ぶデータを登録することになった。過去に同じサーバに sftp で転送した人曰く、1-2 MB/sec しか出なかったうえ、ファイルの破損がいくつかあって大変だったそうだ。幸い、当該データベースが Globus Online…
おんどとりという温度計測デバイスがある。サーバ監視に使っている Ganglia に測定値を送って、プロットするようにした。なお本機には、測定値をクラウドに送信したり、メールで送信したり、FTP サーバにアップする機能もある。しかし、Ganglia に登録するな…
NVIDIA の GPU の使用率を、Ganglia で監視するようにした。GPU の状態は nvidia-smi コマンドで取得できる。dmon モードで起動すると、連続的に1エントリ1行の形式で出力してくれる。 nvidia-smi dmon -s pu -d 5 # gpu pwr temp sm mem enc dec mclk pclk …
iptables の設定を行うスクリプト /etc/init.d/firewall を書いた。これを起動時に自動実行したい。Debian jessie では systemd になっているので、サービスとして登録する必要がある。以下のような /etc/systemd/system/firewall.service ファイルを作る。 …
sshfs でマウントした場所から git を使うと、 error: Couldn't set refs/remotes/personal/master error: Cannot update the ref 'refs/remotes/personal/master'.などというエラーが出ることがある。これを回避するには、 sshfs username@server:/path/to/…
Ubuntu 14.04 LTS で、CPU 周波数の自動調節機能 Enhanced Speed Step Technology (EIST) がうまく動作していないことに気づいた。Core i7-3970X でも Core i7 870 でも同様だ。/proc/cpuinfo を見ると、いつも(TurboBoost 前の)最高周波数で動いているよう…
先日、@yam_cpp 氏に watch コマンドを教えてもらった。これは、定期的にコマンドを実行して、結果をフルスクリーンで(=再実行ごとに clear を実行して)表示する。解説は watch でコマンドを延々と実行する - いますぐ実践! Linuxシステム管理 / Vol.223 が…
プログラムの実行時に ld がライブラリを探しに行くパスは、リンク時にリンカがバイナリへ埋め込む。その値は LD_RUN_PATH で設定できる。一時的に変更するには、gcc に -Xlinker -rpath /path/to/lib オプションをつける。LD_LIBRARY_PATH は、実行時に ld …
awk にパイプして足し算しなくても、 du -hc folder1 folder2 などとすればよい。
大学の Linux 環境で、ホームディレクトリ(実態はファイルサーバ上)から、FAT32 でフォーマットされたUSBメモリに rsync -av でファイルをバックアップしている。すると、ファイルスタンプが同じであるにも関わらず、決まって上書きされるファイルがあること…
これだけ知っていれば、一仕事できます(実話)。 基本コマンド bt backtrace バックトレース i r info registers レジスタ b breakpoint ブレークポイント設置 d bre 1 delete breakpoint 1 ブレークポイント1を削除 c continue ブレークポイントから復帰 fin…
bc コマンドで小数点以下も表示するには、scale 変数を設定する。入力を小数にしても無駄なので注意。 10 / 3 3 10.0 / 3 # これでは小数にはならない 3 scale = 3 # 小数点以下3桁まで表示と設定 10 / 3 3.333
Protein Data Bank から、PDB ファイルと構造因子をローカルに一式ダウンロードした。world wide PDB の Data Download Details には rsync によるミラーリング法が紹介されているが、ポートの関係で大学のネットワークからは動作しなかった(前はできたと思…
複合機で PDF ファイルへスキャンした書類は向きがおかしくなっていることが多いので、pdftk を使って回転したり、まとめてスキャンしたものを分割したりしている。http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/928splitpdf.html を参考に、 pdftk in…
scp でいちいちファイル転送するのは結構面倒。GNOME だとシェルから SSH を使ってサーバのファイルシステムにアクセスできるが、コマンドラインからマウントするには、sshfs を使う。apt-get install sshfs でインストールした上で、 sshfs username@server…
ssh -X を使うと、リモートサーバ上で動いている X クライアントの画面をローカルで動いている X サーバに表示できる。X クライアント(=X Window アプリケーション)は、DISPLAY 環境変数を参照して表示先(X サーバ)を特定する。DISPLAY=192.168.0.1:3.0 とな…
awk -F"\t" '/^@/ || and(rshift($2,4),1) == 1 {print}' でOK。
Ubuntu では、GNOME のファイルマネージャから samba のネットワークドライブをマウントして、gedit などから透過的にファイルを読み書きできる。しかし、Java 製のアプリケーションからはファイルにアクセスできなかったので、古典的にマウントしたほうが便…
ラボでは、計算用サーバに ssh でログインして、いろいろなジョブを走らせている。ジョブの実行中に他の仕事をしたり、ジョブを投げる前にシステムの負荷を top で確認して並列数を決めたりする(80 CPU の恐るべきシステムなのだが、最近は load average が …
この機種は Postscript に対応しておらず、hyperc なる独自プロトコルを利用しているらしい。Linux 用の純正ドライバはないが、foo2hyperc というフィルタがあるようで、printer-driver-foo2zjs パッケージに含まれている。これを追加した上で、「設定」から…
Ubuntu 12.04 の UI は Unity なる3Dデスクトップになっているのだが、やはり好みに合わない。その上、ラボのワークステーションはマルチモニタにしているせいか、しばしばウィンドウの中が真っ白になったり、ランチャーの背景が砂嵐になるなど、3D composit…
GNU Parallel を使ってみた。for ループと違って、並列実行できるのがよい。並列実行だけなら xargs -P でもいけるが、引数置換が豊富なのがよい。そのままファイル名を渡す {} に加えて、{.} で拡張子より前だけ、{/}でディレクトリ除去だけ、{/.} でディレ…
