複合機で PDF ファイルへスキャンした書類は向きがおかしくなっていることが多いので、pdftk を使って回転したり、まとめてスキャンしたものを分割したりしている。http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/928splitpdf.html を参考に、 pdftk in…

イギリスの Tier 4 general student visa 取得メモ - biochem_fan's note に書いたように、8/21(木) にビザ申請を大阪のビザセンターで行った。そうしたら、8/27(火) に大学の留学生課よりメールあり、8/23(金)付けで CAS 番号が UKBA から参照されたという…

三次元空間の座標系の取り方には、右手系と左手系がある。実際に「フレミングの右手の法則」のような指の形をして考えれば分かるのだが、いちいち面倒なので、こう覚えている。まず紙の上に、二次元の座標軸を描く。右に向かって x 軸、上に向かって y 軸。…

原点を中心としない回転を考える。点 p を、点 t を中心として R 回転させるということは、点 t が原点になるように平行移動してから回転を行なって、その後で元に戻すということだから、となる。すなわち、p をあたかも原点中心であるかのように R 回転した…

たぶんどんな教科書にも書いてあることだが、先日、やっと腑に落ちたのでメモ。パーセバルの定理 は、フーリエ変換後のノルムと、元のノルムが一致することを表す。すなわち、ということ。結晶学では、f(x) は実空間における電子密度、F(X) は構造因子 F(h) …

昨日、tr(AB) = tr(BA) - biochem_fan's note で回転行列 M の trace が となることに触れたが、すごく直感的な説明を思いついたのでメモ。三次元空間のどんな回転も、回転軸と回転角で表現できる。その回転軸が z 方向になるように基底を取り直すと、回転行…

行列の積は可換ではないが、trace は保存する。で証明終わり。対称操作を表す行列 M の基底変更を行なうとする。 この場合でも となるから、trace は変わらない。結晶学において、回転行列が何度の回転なのかを によって調べることができる(その理由は Zで行…

現在所属している大学院で double degree program が始まり、10月から Cambridge に1年間留学することになったので、昨日 8/21、大阪のビザセンタに Tier 4 general student visa の申請に行ってきた。いろいろな人のページを参考にしたので、私も次の人のた…

逆格子ベクトルを R で確認 - biochem_fan's noteの続きとして10日ほど前にやりかけたまま、盆休みなどで止まってしまっていること。下書きに溜め込んでいても仕方がないので公開しておく。さきほどと同じ Thaumatin in house のデータセットを使う。 Sugges…

良い状態3週間目の先週木曜日ごろ悪い相へ転換しかけたが、幸い、お盆休み中で十分な休養を取れたこともあり、土日には回復してなんとか良い相を維持している。このように、危なくなりそうなときに1,2日休めば相転移を抑制できるのかどうかは興味深いところ…

今、構造生物学分野の論文を書いている。PyMOL のデフォルトでは、1つ目の蛋白質分子の cartoon 表示が緑色になる。側鎖やリガンドを stick で表示すると、炭素が緑で酸素が赤、窒素が青というおなじみの配色になる。こうして作った図を共著者に見せたら、赤…

CrystFEL 付属の HDF 画像ビューア hdfsee の使い勝手がイマイチなので、いろいろ改造している。素直な GTK アプリケーションなので、触るべきところは自明だが、一応メモ: ソースコード ソースコードは hdfsee.c, hdfsee-render.c, dw-hdfsee.c と同名のヘ…

逆格子の定義として、結晶学の教科書では外積を使った表現が出てくることが多いが、逆行列を使った表現のほうが「ちょっと実験」するにはコードしやすい。数学的な詳細はまたの機会に触れるとして、簡単に確認してみよう。以前 in-house の R-AXIS IV で取得…

CrystFEL では、検出器を定義するのに .geom ファイルを使っている。LCLS の検出器は小さなパネルをたくさん並べた構造になっており(たとえば https://confluence.slac.stanford.edu/display/PCDS/Pds+csPad を参照)、その配置は自明ではないからだ。このフ…

さきほどの Python でソケット と Glib の g_io_add_watch の二点を組み合わせることで、ソケットから指示を受け付けるような GUI アプリケーションが実現できる。以下のコードを実行後、telnet localhost 12345 によって接続して、ラベルの文字列を書き換え…

GUI プログラムであっても、パイプやソケットからコマンドやデータを受け取りたいことがある。コンソール・アプリケーションでは getline() 等でループを回せばいいのだが、GUI アプリケーションではそうはいかない。GUI のためのメッセージループが無限ルー…

Python で書いたことはなかったのでやってみる。 import socket sock = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM) sock.setsockopt(socket.SOL_SOCKET, socket.SO_REUSEADDR, 1) # ↑をしないと、サーバ・プロセスを再起動したあと、TIME_WAIT の間…

良い phase 13日目。とりたてて何か憂鬱なことがあるわけでも、されたわけでもないのだが、不穏な感じである。動悸がするというか、まだ具体化しない予期不安が胸の中で徐々に高まっていく。来週は休みをもらうつもりをしているが、全てがダメになるような、…

以前のラボにいた人から、新しい Mac で Bio-rad Microplate Manager を起動しようとすると、 Fatal Error! java.lang.illegalArgumentException: Fail to create folder log under /Applications/Bio-rad/Microplate Manager 6 See Error.log for detailsな…

R でデータフレーム等の各要素に関数を適用するには、apply の次元として c(1, 2) を指定する。apply は行ごと・列ごとに集計するイメージがあったが、第2引数としてベクトルを指定することで要素ごとに適用することも可能だったのだ。 vcf[, sample_names] …

ラボで、超多次元データのクラスタリングとか分布の比較といったことが研究されている。対象となるデータは、多チャンネルFACS(10マーカx1万細胞とか)とか LC/MS だったりするわけだが、私にとっては蛋白質構造が一番親しみ深いので、そこでの手法を調べてみ…

Gromacs 4.6 は GPU カーネルを OpenMM から独立させてめちゃくちゃ早くなったらしい。GTC Express Webinar にある資料によると、6 thread + GTX Titan で GLIC channel が 15ns/day とか! 25K atom くらいの小さい系(explicit solvent, PME) だと、100ns/da…

分子動力学(MD)シミュレーションでは、周期境界条件を利用することが多い。シミュレーション中に分子の重心が移動していって、分子の一部が単位胞の境界を超えてしまうと、ファイルの中では反対側の端から出てきたと表現される。これをそのまま分子ビューア…

R で plot を画像として保存する場合、 png("output%02d.png") のようにファイル名を指定すると、plot するたびに連番で保存してくれる。便利。ただし、カウンタは png コマンドを発行した時点で 1 に戻るので、既にあるファイルを上書きしないように注意が…

昨日、メタボロームの人たちと話をした。血中代謝物を TMS で保護して測定しているようだった。その理由を調べた:「GC/MS, LC/MS のための誘導体化」小川茂, p.332-336, ぶんせき(2008) http://www.jsac.or.jp/bunseki/pdf/bunseki2008/200807nyumon.pdf‎

を台形則で数値積分してみて、分割数と誤差を評価する。 trapezoid <- function(fun, start, end, div) { x <- seq(start, end, length.out=div) step <- (end - start) / (div - 1) fx <- fun(x) return(step / 2 * (2 * sum(fx) - fx[1] - fx[div])) } div …

scp でいちいちファイル転送するのは結構面倒。GNOME だとシェルから SSH を使ってサーバのファイルシステムにアクセスできるが、コマンドラインからマウントするには、sshfs を使う。apt-get install sshfs でインストールした上で、 sshfs username@server…

Cabal は Haskell のパッケージシステムらしい。cabal update とすると、cabal 自体が新しくなってると言われたので、cabal install cabal-install として更新。その上で、cabal install ○○ とすればよい。

X線結晶回折において、「コヒーレントな場合は振幅(F)を足してから二乗して強度を得る、コヒーレントでない場合は強度(I)のレベルで足す」ことについて、なにかすごい物理的意味があるような気がしていた。後者は例えば相晶(twin)の場合に出てくる。ビームの…

Wikipedia 英語版の diffraction の coherence 節 の説明が分かりやすかったので、自分の言葉でまとめる。 longitudinal coherence 距離の異なる経路をたどった波が干渉しあうという図がよく書いてある。これらの波は違う時間に光源を出発したものだ。光源の…