追記していく予定。
読み込み
mol load psf topology.psf for {set i 0} {$i < 40} {incr i} {mol addfile [format "production_run_%02d.dcd" $i]}
表示の追加
mol rep NewCartoon
mol selection protein
mol color SegName
mol addrep top
mol rep Licorice
mol selection {resname POPC and not type "H.*" and within 5 of protein}
mol color Type
mol addrep top
いろいろ設定をしてから addrep で追加。現在の rep の数は molinfo top get numreps で取得できる。
ちなみに、{} は Tcl でエスケープの働きをもつ。Tcl/Tk - Wikipedia 参照。
ファイル形式の変換
mol load psf topology.psf
mol addfile md.coor
[atomselect top all] writepdb coord.pdb
