2014-12-01から1ヶ月間の記事一覧

vmd のスクリプト覚え書き

追記していく予定。 読み込み mol load psf topology.psf for {set i 0} {$i < 40} {incr i} {mol addfile [format "production_run_%02d.dcd" $i]} 表示の追加 mol rep NewCartoon mol selection protein mol color SegName mol addrep top mol rep Licoric…

ジョブシステムの違い

思いつくところから増やしていく。 Sun Grid Engine (SGE) TORQUE 富士通 説明 qstat qstat pjstat -E ジョブの様子 qhost qnodes pjstat --rsc ノードの様子 要確認 qstat -q pjshowrsc キューの様子 qsub -d . job.sh qsub -d . job.sh (デフォルト) カレ…

Rodrigues space による回転の表現と GrainSpotter

3次元空間で、原点を始点とするベクトル u を、原点を始点とする別のベクトル v に重ねる回転は無数にある。u, v に直交する軸で回転させるのが直感的かもしれないが、回転した後にさらに v を軸に任意に回転させることができる。また、原点を頂点として、u,…

SSL-VPN にリダイレクトする Bookmarklet

大学に、電子ジャーナルにリモードアクセスするための SSL-VPN ゲートウェイがある。http://journal/web/site/article.pdf にアクセスするには、https://gateway/server/,targetURL=journal/web/site/article.pdf にアクセスすることになっている。これは、J…

sigma cutoff によるバイアス

sigma cutoff の濫用は、バイアスの原因となる。負の観測を切り捨てることで測定値を正にバイアスし、ノイズしかない場合でもシグナルがあるかのような統計値を生み出してしまう。このため、業界のコンセンサスとしては、-3 よりも大きくするのは良くないと…

Bash の引数について

test1.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" bash test2.sh $2 test2.sh として echo "arg1 $1" echo "arg2 $2" を用意してテスト。 #bash test.sh 1 "2 3" arg1 1 arg2 2 3 arg1 2 arg2 3 となった。本当は、「残りの引数全部」を自然に次のプログラム…