今回は XDS における最大の特徴、Kabsch transform の意味について説明する。論文の 2.3 節に対応する。Kabsch transform は、goniostat 座標系から reflection 座標系への変換である。これまでに出てきた検出器系や実験室系との変換と違い、この変換は局所…

前回(本記事公開時には未公開)、Kabsch 変換の意味について説明した。今回は、実装上の問題点について述べる。DIALS のレポジトリにある James の文章 が参考になる。逆空間の一点とKabsch 変換後の反射座標系での一点は、数学的には一対一に対応している。…

RELION の 2D / 3D classification で、iteration ごとに各クラスの割合がどう変化したかをプロットしたいと言われたので、スクリプトを作った。 for i in `seq 0 20`; do j=`printf %03d $i`; echo -n $j" "; relion_star_printtable run_it${j}_model.star…

DIALS を bootstrap.py からビルドしたあと、base/bin/pip を使って Jupyter notebook をインストールしても cctbx を import できない。環境変数を設定する wrapper となっている dials.python などと違い、PYTHONPATH や LD_LIBRARY_PATH が設定されていな…