XFEL (やそれに類する ERL などの技術)を使った構造生物学の方向性についてメモ。強度を生かして: 超微結晶解析 (serial femtosecond crystallography: SFX) コヒーレンスを生かして: 単粒子解析 (coherent diffraction imaging: CDI) 新しい位相決定法 (int…

ccp4bb で order-disorder twinning (OD twinning, lattice-translocation defect) の話題が出ている。そこで紹介されていたのが Rotational order–disorder structure of fluorescent protein FP480 Acta Crystallogr. D (2009)。本症例は、90度回転の関係…

R のベクトル化の例で、 a <- 1:10001 b <- a[1:10000] + a[2:10001] のように書くと for ループを回すよりも速いというのがよく紹介されているが、メモリ効率はどうなのか。内部的に右辺の2つの項に対応する a のコピーを2つ作っているとしたら、一時的とは…

実はちゃんとやったことがなかった。 a <- list() class(a) <- "TestClass" testfunc <- function(x) {print("test func")} testfunc(a) # test func testfunc.TestClass <- function(x) {print("test func for TestClass")} testfunc.TestClass2 <- functio…

Scientific Programming の講義では、Sweave ドキュメントの形で課題を提出することになっている。それに備えて早速 Sweave を使ってみたのだが、 R の出力のうち、` や ' などの記号が文字化けする。調査の結果、 \usepackage[utf8x]{inputenc} を記載すれ…

講義で「課題には R 3.x.xを使ってください」と言われたので、Mac Book の R を 2.x から 3.0.2（CRAN版)へアップグレード。そうしたら R studio が R を認識しない。"Cannot locate R" というエラーが出る。3.0.x を使うには、R studio も新しいものである…

蛋白質では結合電子が見えるような超高分解能(0.8Å以上)にはそうそうお目にかかれないが、低分子の場合は普通である。通常の蛋白質の場合は、化学結合による電子の再分布を無視する Independent Atom Model (IAM) を採用している。電子の再分布を考慮するモ…

蛋白質の構造予測などでは、より正確な予測をすることが第一目標であるのは間違いないが、予測した解の精度を予測する、つまり予想にどのくらいの自信が持てるのかを適切に自己評価することも重要である。自信のある解が出れば探索をそこで打ち切ることがで…

結晶学のデータセットの分解能と一言でいっても、回折斑点が目視できるギリギリのところ、 が2となるところ、CC1/2* が50%となるところなど、いろいろな定義がある。最近は昔と比べて non-conservative な基準が採用されるようになりつつあり、昔の論文での…

はてなダイアリの下書きに長いこと放置していたが、公開してしまおう。私は特に政治的主張があってではなく、なんとなくネタ的に、あるいは、懐古的・感傷的な気分に浸りたいがために、旧仮名遣いを使ったり旧字体を使ったりする。いわゆる中二病というやつ…

昔の ccp4bb で、Harker section の定義が話題になっていた。[ccp4bb]: Definition of Harker vector & section? から始まるスレッドである。回転軸に垂直だが格子の基本ベクトルに垂直ではない面(u + v = 0 など) も数学的には Harker section と呼ぶべきだ…

来る途中の飛行機から見下ろしていて気がついたことである。実際にフランスの田舎を歩いたわけではないので、全く的外れなことを言っているかもしれないが……空から見ると、どちらの国も畑が多い。大都市のすぐ外側でも畑が広がっている。平野が多いからかも…

内容的には既に知っていることばかりだったが、少しメモ。 Familywise Error Rate を調節するとは、N個の検定をしたときに「1つでも間違える確率」を、sigfinicance level α に調節すること。Bonferroni 法など。 False discovery rate を調節するとは、N個…

数学入門コース2日目は、微分積分→連続分布→統計検定→多重検定を3時間で。相変わらず早いペースだ。微分積分は、微分の定義から始まって を定義に基づいて微分したあと、他の代表的な微分を表で提示。線形性・chain rule などを証明なしで紹介するという感じ…

続いて、Cambridge Botanical Garden に行った。学生証を見せると入場無料になるはいいが、季節柄、あまり花は咲いてなかった。温室も、私の好きなラン科植物がほとんどなくて残念。コレクションもありきたりだった。あと、温室の温度と湿度が高すぎだと感じ…

昼食のあと、GP (General Practitioner)の登録に行った。留学生でもイギリスの健康保険制度(NHS) に加入できるのである。保険料はとくにいらない。その代わり、予約をとるのに何日もかかる(風邪なら待っているうちに治ってしまう)とか、自分の登録した病院で…

今日は初めて college で昼食を食べてみた。日本の大学生協とは雰囲気が全然違って、長テーブルにぎっしり一緒に座るスタイル。カレッジによっては、学生とフェロー(教授とか研究員とか)を別々に座らせるところもあるそうだが、私のカレッジは距離を隔てない…

さて、気づいたら夕方。普段はスーパー (Sainsbury's) が23時までやってるが、日曜日は17時で閉まってしまうのをすっかり忘れていて、夕食が入手できない! 宿舎のそばにある Sir Isaac Newton というパブで jacket potato を注文した。5.5£。そうしたら、大…

食事した後、留学生向け新歓イベントの1つ、市内の案内ツアーに参加した。観光名所を紹介するわけではなく、スーパとか書店とか、生活に便利な店の場所を教えてくれるものだ。その後、お茶会に参加。紅茶とスコーンなど。

所属する College には、ジムとプールがついている。ジムやテニスコートを持っているカレッジはたくさんあるし、Trinity のような伝統と資産のあるカレッジは、専用のフットボール場を持っていてびっくりさせられるのだが、プールを持っているカレッジはたし…

International Student Week という有志学生による新歓イベントで、Cam river で punt に乗せてもらった。イタリアのヴェネチアで有名なゴンドラに似た、細長いボートである。船頭は船尾に立って 3m ほどの棹で舟を進める。今日は、大学院2年目の先輩らが案…

無事にCambridge に到着している。日記的記録は書いてはいるのだが、生活のためのいろいろなものを買ったり、慣れたりするのと、関係各所へメールを書いたりするのに忙しくて、ここに記載している余裕がない。そのうち更新します。

記録のため、さかのぼってメモから記載中。執筆時と日付は一致しません。Heathrow Lodge で一泊したあと、coach で Cambridge へ向かった。まず、無料バスと Heathrow Express を乗り継いで Terminal 5 から Terminal 1 に戻り、Central Bus Station へ。乗…

記録のために、さかのぼってメモから記述中。投稿日と日付は一致しません。London Heathrow Airport には 17時過ぎに到着した。学生ビザを持っていたせいか入国審査もごくスムーズで、事前に登録していた指紋と照合されただけだった。以前に summer student …

設定の「共有」から、インターネット接続の共有ができる。Mac Book を無線LANのアクセスポイントとして動作させることもできるし、Bluetooth 経由で Android や iOS デバイスにネット接続を提供することも可能だ。有線LAN しかない環境で便利そう。

Heathrow 空港から Cambridge への長距離バス(coach という) を予約した。National Express という会社。元は国営だったらしいが、日本の国鉄と同じく民営化されたという。驚くべきことにイギリス国外への路線もあり、遠い所ではミュンヘンやミラノ行きもあ…

Improving experimental phases for strong reflections prior to density modification Acta Cryst. (2013). D69, 2039-2049 を読んだ。とりわけ強い反射数百個の位相を遺伝的アルゴリズムで改善してから DM することで、綺麗な map が得られるという。アイ…

26日の渡英は、名古屋発フランクフルト経由ヒースロー着のルフトハンザ航空便である。到着が夕方になるので、ヒースロー空港周辺のB&Bで一泊して、翌朝に長距離バス coach でケンブリッジに向かうことにした。booking.com というサイトで検索して予約した。 …

留学準備中につき、更新停滞中。遡及的に記録をメモしている。日記の日付と執筆日時は一致しない。9月19日に、京都の下宿を引き払った。台風19号で御陵駅が水没した影響により山科に地下鉄で出ることができず、京都駅から東海道線に乗った。今出川通りを農学…

続けて反射の epsilon factor についても確認した。これも、空間群と指数の関数である。ある反射の epsilon factor とは、cctbx のソースコード cctbx/sgtbx/space_group.h で The factor epsilon counts the number of times a Miller index h is mapped on…