R の講義で、TRUE と FALSE の略として T や F を使うべきではないと習った。TRUE/FALSE は予約語であり、いわばリテラルだが、T/F は単なるグローバル変数なので、 TRUE <- FALSE # エラー T <- FALSE # 代入できてしまう! pnorm(0.3, lower.tail=T) # ??? …

The anatomy of successful computational biology software Nat. Biotechnology (2013) を講義で紹介された。bioinformatics の有名ツールの開発者へのインタビュー集である。Open Access なので一読されたい。プログラムが成功するための秘訣、他の分野の…

9年半を過ごした京都という町について何かを書いてみたくなった。今も京都大学に籍が残っているとはいえ渡英するにあたって下宿を引き払ってしまったから、既に京都に私の居場所はない。そう書くと、イギリスの住居探しと違って京都には下宿屋も物件もいくら…

XFEL (やそれに類する ERL などの技術)を使った構造生物学の方向性についてメモ。強度を生かして: 超微結晶解析 (serial femtosecond crystallography: SFX) コヒーレンスを生かして: 単粒子解析 (coherent diffraction imaging: CDI) 新しい位相決定法 (int…

ccp4bb で order-disorder twinning (OD twinning, lattice-translocation defect) の話題が出ている。そこで紹介されていたのが Rotational order–disorder structure of fluorescent protein FP480 Acta Crystallogr. D (2009)。本症例は、90度回転の関係…