Gromacs 4.6 は GPU カーネルを OpenMM から独立させてめちゃくちゃ早くなったらしい。GTC Express Webinar にある資料によると、6 thread + GTX Titan で GLIC channel が 15ns/day とか! 25K atom くらいの小さい系(explicit solvent, PME) だと、100ns/da…

分子動力学(MD)シミュレーションでは、周期境界条件を利用することが多い。シミュレーション中に分子の重心が移動していって、分子の一部が単位胞の境界を超えてしまうと、ファイルの中では反対側の端から出てきたと表現される。これをそのまま分子ビューア…

R で plot を画像として保存する場合、 png("output%02d.png") のようにファイル名を指定すると、plot するたびに連番で保存してくれる。便利。ただし、カウンタは png コマンドを発行した時点で 1 に戻るので、既にあるファイルを上書きしないように注意が…

昨日、メタボロームの人たちと話をした。血中代謝物を TMS で保護して測定しているようだった。その理由を調べた:「GC/MS, LC/MS のための誘導体化」小川茂, p.332-336, ぶんせき(2008) http://www.jsac.or.jp/bunseki/pdf/bunseki2008/200807nyumon.pdf‎