iPython notebook から cctbx を使う

年を取ったのでなかなか Python が身につかない――などと言っているわけにもいかなくなってきたので、頑張る。

iPython と notebook が便利らしいので、cctbx もここから使いたい。iPython 自体は

apt-get install ipython ipython-notebook

で入るのだが、このままだと cctbx を import できない。ccbtx のビルドシステムがiPython の存在を認識すると、libtbx.ipython コマンドが出現するはずなのだが、出現しないのである。cctbxbb のスレッドを参考に ibtbx/env_config.py を編集してみたが、libtbx.refresh が path が import できないというエラーで失敗。しかも、いったん失敗すると configure.py をやり直す必要がある。

最終的には、start ipython notebook with python file - Stack Overflow を参考に

import sys
from IPython import start_ipython

sys.argv.append("notebook")
sys.argv.append("--NotebookApp.open_browser=False")

start_ipython()

というファイルを作って、libtbx.python から起動することで動くようになった。