本記事の目的と注意 注意! 私は、NGS については amplicon sequencing の解析経験(しかも半年)しかない。本記事は、データを解析して、STAP論文(Obokata et al, Nature 2014. Article と Letter)に対して何らかの結論を導くのが目的ではない。これだけリード…

CIGAR コードの座標系と、ゲノム座標系と、SEQ/QUALカラムの座標の対応について。 CIGAR が M, D のとき、ゲノム座標が1つ進む CIGAR が M, I, S のとき、SEQ/QUALは1つ進む。S は soft clip であり、POSITION などでは無視されているが SEQ/QUAL は出力され…