2024-12-17 (Tue)

ラボが大掃除で精神的に辛かった。置き場がないわけでもないのに、まだ使えるものをポイポイ捨てる精神性がとりとは相容れない。今使い道がなくても、後で使う人が出るかもしれない。税金で購入したものだからこそ、ギリギリまで使いみちを探るべきだ。そもそも、掃除機をかけたりエアコンのフィルタを掃除するといったことだけにしとけばいいのに。

教授が定年になると機材を全部捨て、新たに着任する教授はゼロから買い直すか、前所属から大きなトラックで運んでくる。無駄なこと極まりない。研究プロジェクト特有の装置ならともかく、机や棚を入れ替える必要がどこにあるというのだ。古い液晶モニタが余っているから捨てるというラボがあるかと思うと、12 インチくらいの小さい私物のノート PC で研究している大学院生もいる。彼らに使わせてあげればいいのに。10 年前の iMac も計算機としては役に立たないかもしれないが、target display mode で外付けモニタにできる。

PyMOL が壊れた

Mac OS に Homebrew で入れた PyMOL が壊れた。

Homebrew 由来のPython 3.12 を使うようになっていて、その中で import PyQt5 しても動くのに PyMOL は "Qt not available (pymol.Qt), using GLUT/Tk interface" というエラーを出し、Tk も "ModuleNotFoundError: No module named '_tkinter'" といって使われない。brew install python-tk@3.12 としたら、"libc++abi: terminating due to uncaught exception of type NSException" で起動すらしなくなってしまったので Tk は削除。

意味が分からないので

brew remove pymol
brew install pymol

としたら、/opt/homebrew/Cellar/pymol/3.0.0/libexec/bin/python を使うように書き換わって復旧した。

一方、Ubuntu 24.04 LTS の apt で入れた PyMOL も壊れていて、"ModuleNotFoundError: No module named 'imp'" という。

こちらについては、ask Ubuntu "Pymol not starting after downloading using linux terminal command" に従って、

sudo apt install python3-zombie-imp

としたら直った。

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