2023-08-01 (Tue)

アルツハイマー病などの神経変性疾患で凝集する tau のアミロイド線維形成中間体を時分割 SPA で多数構造決定したという preprint が出ていた。

病理組織から抽出したアミロイド線維の構造が in vitro で凝集した構造と異なることが電顕で明らかになってるのに、in vitro 凝集体の結晶構造を元に計算して in vitro 凝集実験と比較するような研究、純粋な物理化学的興味でやってるならまだしも、治療に役立つとか言われるとなんだかなーってなる。tau については、上にもあるように in vitro で病理標本と同じ構造を再現する方法が確立しているので、それを使ってやりなおすべき。Amyloid beta とかについては、まず病理組織由来の構造と同じ構造を(まずは seeding でもいいから)再現できるようになってから先に進むべき。

秘密主義な研究者

計算系の人のセミナーに出たら、研究には独自開発したソフトを使っており、公開していないのかという質問に対し、公開してもいいがマニュアルを書くの面倒だからしていない、変なふうに使われて曲解されるのが嫌だから、共同研究の形で監視しながらしか使わせないみたいなこと言ってて腹が立った。こういう思想の人、科学の世界から引退して、さっさと企業にでも行けばいいのにって思う。計算手法の研究してるくせに実装を公開しないって、結果を第三者が確かめようがないし(100 % 同じものを再実装するのはほぼ不可能)、開発したものを自分の認めた人にしか使わせないなら開発した意味なくない? 確かに普遍的な入力に対して動くものを作るのは大変だろうが、少なくとも論文に報告している系については、コードと入出力を公開してもいいのにと思う。もちろん公開しないことが不正というわけではないし、そういう文化の分野なのだろうから、外野のとりがとやかく言うことじゃないけど、こういう価値観の人を見ちゃうと厭世観が高まるというか、セミナー聞いて失敗だったなと後悔した。

I attended a computational chemist's seminar. The speaker said his research is based on his own program. Asked whether it is public, he answered that he could make it open, but doesn't, because writing documentation takes too long and without it others might misuse his program. He said he does not want his algorithms to be criticized based on misunderstandings. He wants to fully supervise its use by allowing it to be used only within his group and his collaborators.

I am totally disgusted and frustrated. I wish I haven't listened to this talk.

Claiming to have developed a novel computational method but not releasing its implementation: how can others test it? If you don't want others to use your discovery, what is the point of it? Self satisfaction? Securing your position? I think those with this kind of mentality should quit academia and go to industry. Of course I cannot force it (unfortunately most journals and funding agencies still don't mandate release of raw data and programs) but seeing these people is really bad for my mental health.

Using tailscale WITHOUT root

Tailscale を root 権限のないサーバで動かしてみた。

Userspace networking mode を使うことに加え、--socket に自分の権限で書き込める場所を指定することが必要。

# On SERVER_WITHOUT_ROOT
wget https://pkgs.tailscale.com/stable/tailscale_1.46.1_amd64.tgz
tar xzvf tailscale_1.46.1_amd64.tgz
cd tailscale_1.46.1_amd64/

# Start the daemon, using user-space networking mode and listening on the port 20000
./tailscaled -tun userspace-networking -socks5-server localhost:20000 -socket ~/.local/tailscale.socket &

# Start the connection
./tailscale --socket ~/.local/tailscale.socket up --auth-key AUTH_KEY

# Sanity checks
./tailscale --socket ~/.local/tailscale.socket netcheck
./tailscale --socket ~/.local/tailscale.socket status
./tailscale --socket ~/.local/tailscale.socket ping OTHER_NODE

# Connect to other node via tailscale SOCKS proxy
ssh -o ProxyCommand='nc -x localhost:20000 %h %p' OTHER_NODE

# Connection in the other direction (to this node) is as usual
ssh SERVER_WITHOUT_ROOT

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