Crystal Growth & Design "Structure Elucidation of Olanzapine Molecular Salts by Combining Mechanochemistry and Micro-Electron Diffraction"
Three structures were solved from a grid. See the scatter plot of cell parameters in Fig. 1 (added after preprint). As usual, raw diffraction images are available at XRDa.
- XRD-00126 (MicroED datasets of olanzapinium succinate and two impurities): https://xrda.pdbj.org/entry/126
- XRD-00125 (MicroED dataset of olanzapinium oxalate): https://xrda.pdbj.org/entry/125
The diffraction pattern in the graphical abstract is an unrelated "artistic" illustration, according to the author who drew it.
SerialEM macros and guides for data collection and processing scripts with DIALS are in https://github.com/GKLabIPR/MicroED.
温度による固体の相転移について
ふと、温度によって固体-固体相転移をする「原理」が気になりはじめた。 相転移するということは自由エネルギーが極小となる状態が変わるということであり、温度に依存するということはエンタルピーではなくエントロピーが効いているはずだ。
このテキストでは黄銅の相転移と水晶の α から β への相転移(quartz inversion)が紹介されている。前者は温度が上がると各サイトの原子がシャッフルされて無秩序化するというものであり、いかにもエントロピー効果だと分かりやすい。一方、後者はどういうことか。結合角度など構造が変わるわけだが、低温では(= エンタルピー的には)不安定な構造を高温で「支えている」のは何だろう。
これについて専門家に訊いたところ、「フォノンのソフト化」という概念を教えてもらった。このキーワードでいろいろ調べたり質問したりして得たのが次のような理解だが、あっているか自信はないので、コメントしてもらえるとありがたい。
高温では原子位置のゆらぎが激しいが、低温ではエンタルピー的に一番安定な場所にはまりこんでしまう。結晶構造解析で見えるのは時間的・空間的な平均構造であり、エンタルピー的に一番安定な位置とは限らない。例えばある原子が右や左にある二状態があって等しく安定であり、真ん中の位置は遷移状態でエネルギー的に不利だとする。高温では右と左に行ったり来たり振動していて、構造解析をすると左右の位置に 0.5 の occupancy で対称に見える、あるいは振動の距離と分解能次第では２つのピークが重なって本来不安定なはずの中央に原子があるように見える。低温になると行ったり来たりする熱エネルギーがなくなり遷移状態を超えられなくなるので、全部右とか全部左、あるいは右左が交互といった新たな構造を取るー―というイメージだろうか?
阪大化学熱学レポート 「ソフトモードを有する秩序・無秩序型相転移とその重水素効果：シュウ酸水素アンモニウム(1/2)水和物」 を一例として読んだ。
ホログラフィーは三次元か二次元か
ホログラフィーは平面から立体を再生しているように見える。これを自分は次のように考えて分かった気になっていた。
室内にいる人が窓を通して外の景色を眺めているとき、部屋の中で動けば、窓の外に見える景色も変わる。しかし人がどこにいようが、窓の二次元平面に存在する光の場は同じはずである。したがって、この二次元平面における光の場を位相も含めて再現すれば、実際には部屋の外には何もなかったとしても、部屋の中にいる人には外が同じように「見える」。位相があるから、窓から色々な方向に ray が射出されるわけだ。
実際、蛍光 X 線ホログラフィーの文献を見ていたら、二次元のスキャンだけで三次元電子密度マップを再構成しているものがあったりする。かと思いきや、三次元でスキャンしてからトモグラフィーの要領で三次元再構成しているものもあり、よく分からなくなってきた。
光学 「Ｘ線ホログラフィー」
複数のホログラムを組み合わせてトモグラフィーの原理で三次元再構成すると書いてあったかと思うと、いろいろな角度からの撮影で三次元情報を得られるようなことも書いてあって(SrTiO3 の例)、よく分からない……光学 「ホログラフィーって本当に三次元?」
ホログラフィーといえ、一つの方向からの撮影では(Ewald 球?)表面という三次元空間中の二次元球面の情報しか取得できないと明言されている。結晶学と違って位相を得ることはできるけど。ただ、長波長だから奥行方向の情報もある程度入っているってことなのかな。"How to understand holography and hologram"
これを見ると、二次元平面内で振幅と位相が完全に分かれば波動方程式の性質から内部の情報も全部決まるようなことが書いてある……
もやもやする……
読んだ
PC watch "Twitter利用制限の目的はスパム排除など。抜き打ちなのは「対策への対策」"
とりさんは、Twitter から bot を排除すべきでないと考えている(ミサカ bot が本当に何百もいた時代が懐かしい)し、自分の投稿を AI 学習に利用されるのも歓迎なので、そういうのに反対する Twitter とはもはや方向性が違うんだなと思った。PC watch "ほぼ米国製スマホ「Liberty Phone」。Debian派生OS採用"
「チップの原産国は基板製造国ほど重要ではない」と言っているが、バックドアが存在しないことをどうやって検証するの? そこを気にしないなら、基盤の製造国もどうでもよくない?BBC "China accuses UK of harbouring Hong Kong fugitives"
極めて邪悪。幸い、イギリスは中国へ「犯罪者」引き渡し条約を結んでいないという。CNN "‘You can never become a Westerner:’ China’s top diplomat urges Japan and South Korea to align with Beijing and ‘revitalize Asia’"
中国の言う "Asian values" が専制独裁主義とか家父長制とか年功序列のことなら、そんなもん無くしたほうがマシ。"ideological differences" は誇張されているんじゃなくて、実際に大きい。
