先日まで 27 度くらいあったのに、今日は一気に気温が下がって午後には 18 度くらいになり、窓を開けていたら風が半袖には寒いくらいだった。
古い Mac Book Pro の空き容量が厳しくなってきたので、そのマシンでは使わないアプリケーション(PHENIX や Visual Studio Code など)を削除して 12 GB ほど空けた。
Python Pillow は signed 16 bit mode をサポートしておらず(I; 16 は UNsigned)、そのような TIFF ファイルが書けない。仕方がないので tifffile パッケージを使った。
PETS2/Jana2020
PETS2/Jana2020 tutorial を始めた。まずは水晶。
同梱の積分済データでは成功。
自分で積分したら、一部のフレームを除外しないと、
A fortran runtime error has occurred: End of file Error occurred on unit 14 in file RefLoopEd.f90 at line 4378.
などといって精密化がクラッシュした。
始めたばかりで基本的なミスをしている可能性が高いので、他の tutorial もやってみる。
読んだ
日本結晶学会誌 「光合成における炭素同化反応の構造生物学研究」
とりさんはテルペノイド萌えかつトンネルのある酵素萌えなので、trans-polyisoprene synthase (TPS) と farnesyl-pyrophosphate synthase (FPS) の比較の話が面白かった。一方、RuBisCO の活性の違いをループの微小な構造変化から説明しようとするのには無理があると思う。こういうのはダイナミクスも関わっているはずで、結晶学だけでなく、SPA や NMR や MD 計算も組み合わせていく必要があるだろう。
あと、オンライン版は図をカラーにできるはずなのに白黒なのが残念。日本結晶学会誌 「甲斐泰先生を偲ぶ」
上の記事の著者の学生時代の指導教官の追悼記事。日本結晶学会誌 「機械的刺激に応答する多成分有機結晶の発光色変化」
結晶パッキングが変わったり非晶質に相転移することで色が変わる色素たちの紹介。こういう系の研究に、粉末のまま構造解析できる MicroED は有用だろう。日本結晶学会誌 「聴覚を支えるモーター分子prestinの構造解析」
うーん、電位によって構造変化する、しかも 80 kHz なんて高速(= 12.5 usec)で応答できるという肝心の部分の解明には至っていない気がする。PC watch "Apple、11.5 mm 極薄の「15 インチ MacBook Air」"
M2 チップの制約とはいえ、メモリ上限 24 GB が惜しい。32 GB は欲しい。あと、Apple ではいつものことだが、なぜ SSD のサイズ増強がこれほど高いのか。ccp4bb "Re: Apple glasses"
OSS プロジェクトに対して、開発者があまり興味を持てない機能リクエストが来たときの塩対応例w
見た
Sky News "Why is Prince Harry's US visa under scrutiny?"
イギリスのヘンリー王子は過去に違法な薬物を使ったことがあると告白したことがあるらしいのだが、アメリカのビザ申請時にそれを申告していなかったとすると、ビザが無効になるかもしれないらしい。草。ABC News "White House on alert after 2 aviation incidents"
ニューヨーク近郊を飛行中のセスナ機が無線に応答しないため、F-16 がスクランブル発進した先日の事件。セスナ機は結局墜落したのだが、減圧でパイロットも乗客も意識を失っていた可能性が高いという。
