ドッキングシミュレーション等で、二つの分子表面の相補性の良さを計算することがある。Katchalski-Katzir algorithm では、これを FFT を使って高速に行う。三次元空間において、蛋白質Aの表面なら1,外部なら0という関数 を考える。同様に、蛋白質Bについて…

同型置換法では、蛋白質のみ(native; P) と蛋白質の重原子誘導体(PH) の反射強度を測定し、ここから重原子の構造因子(H)を推定するのが第一歩となる。この時、二つの反射強度を同じスケールに載せる必要があり、そのためのプログラムとして SCALEIT や FHSCA…

Inkscape で矢印を描く - biochem_fan's noteで書いたように、Inkscape で矢印をつくるテクニックを身につけたので、もう1つ作図した。任意の物体による波動の散乱が、散乱体の密度のフーリエ変換になることの確認である。図のように、左から完全に並行でコ…

http://sbsp.jp/sbsp/Sb/ で、構造生物学坂部プロジェクトの機関誌「構造生物」(1995-2005)を読むことができる(OCR らしく、誤字が散見されるのはご愛嬌)。私は昔のこういう文献を読むのが好きだ。Original paper はもちろん、その後に書かれたレビューや裏…