読んだ
なろうで「白翼のハルピュイア」https://ncode.syosetu.com/n7961jr/を最新話まで読んだ。
アニメ化も決まっている「サイレント・ウィッチ」と同じ作者さんによる、世界観を共有する新作。
サイレント・ウィッチ外伝はやや話が発散しすぎた嫌いがあるが、これは登場人物も一新して(前作にも関係する人がちょろっと出てくるけど)、話の方向性も明確で、とても楽しい。Nature "Ab initio characterization of protein molecular dynamics with AI2BMD"
Harmonic potential を使う従来の力場より精度が高いのは分かったけど、その向上にどの程度の意義があるのか(化学的・生物学的な解釈が変わってくるほどの差を有無のか)よく分からなかった。
Dipeptide 単位でフラグメント化して、フラグメント内のエネルギーや力は DFT 計算を学習させた neural network によって求めているが、フラグメント間の相互作用は静電相互作用(Coulomb potential)と van deer Waals 相互作用(Lennard-Jones potential)に分けて古典的に計算しているのは結合分極等を無視していてちょっとダサい。Nature "Five protein-design questions that still challenge AI"
形を作るのはだいぶできるようになったけど、機能の設計はまだいろいろ壁があるという感じだな。それに膜タンパク質の取り扱いも改善が必要そうだ。Science "Shades of blue"
沖縄や Sardinia などの長寿地域を blue zone というらしいが、商標化して啓蒙ビジネスの題材にされているというのは詐欺やニセ科学の温床となり、研究の妨げになると思う。一部の地域では長寿者の割合に男女差がないとか、PAI-1 遺伝子(plasminogen activator inhibitor-1)がヘテロに失活していると寿命が伸びるとか、面白いけど、何よりも沖縄も最近は長寿ではないというのが興味深い。他の県の医療水準が上がったためなのか、それとも沖縄自体の beneficial なライフスタイルが失われたせいなのか?- encroach: 侵略する
Science "Controversial study redraws classical picture of the neuron"
Non-myelinated axon が pearling しているという説と、ただの試料作成時の artifact だろうという説。Pearling というのは真珠のネックレスのように、球が連なった形ということだろう。Nature "The quest to build bionic limbs that feel like the real thing"
義肢を自分の体の一部のように感じられる状態を embodiment ということを知った。BCI を使えば、それなりに触覚をフィードバックできるようだが、末梢神経(断端)を使ったり、温度や固有感覚もフィードバックできるまでは、まだかかりそう。Nature "Google uses millions of phones to map Earth’s ionosphere and improve GPS"
太陽風などで電離層の状況が変わると、自由電子の密度が変化し屈折率が変わるため、短波長の電波ほど速度が遅くなるらしい。そのため GPS などに誤差を生じるが、これを逆手に取り、世界中のスマートフォンに内蔵された GPS の受信状況を解析することで、電離層の様子を観測できるらしい。賢いし面白い。Nature "How close is AI to human-level intelligence?"
たとえ今の Transformer ベースの LLM をゴリ押しして AGI に到達できるとしても、世界モデルを(効率的に)学習できるアーキテクチャは開発と、外部との相互作用によって必要なデータを能動的に集めて学んでいく仕組みは欲しい。- Kolmogorov complexity: そのデータを生成するのに必要なコードの最小長という定義は直感的だけど、具体的にどう計算するんだろう。
- Generative Flow Network: Bengio は次はこれが来ると思って研究しているようだ
Nature "AI protein-prediction tool AlphaFold3 is now more open"
年内にといっていた OpenFold 3 より前に、Boltz-1 が出て、それに触発されたのか Chai-1 も商用利用可となった。喜ばしい。
論文の情報だけで再実装できたということと、それで科学として十分だというのはイコールではないのに注意が必要。Science "Learning the language of DNA"
Cas9 + gRNA を構成できたというのは一見すごいけど、具体的にどういう入出力をするモデルなのかよく分からない。StripedHayena という、context length に対して sub-quadratic な計算量ですむアーキテクチャを使っているらしい。Nature "Engineered receptors show how humans tell countless odour molecules apart"
Consensus sequence への置換で嗅覚受容体を安定化。仮にこの手法が 2010 年ごろにあったとしたら、GPCR の結晶化ももっと捗っていたんだろうか? もちろん、当時は配列データベースも今より小さかったけれど。ムスクの匂いに特異的な OR5AN1 と muscone の複合体とか、AlphaFold3 系のソフトで予測したらどうなるんだろう。M2R を元にホモロジーモデルを作って考察している論文はあるけど。Acta Cryst. D "Peter Main (1939-2024)"
MULTAN って当時はほとんどの構造がそれで解かれてたほどのインパクトがあったとは知らなかった。湖水地方で大学の同僚と共同所有していたという Goose Howe という cottage、検索すると同名の物件が今年 740,000 GBP で売られているけど、これかな? でも Goose Howe は地名でもあるようだから、この建物とは別にあるのかもしれない。CNN "South Korea president survives impeachment but party will seek his resignation"
この首相の所属してる党も、首相は退陣すべきと考えているものの、弾劾には強力しないって意味不明。CNN "Why finding the suspected CEO killer is harder than you might think"
こんなに手間取っているの本当に意外。- vigilante: 自警団員
CNN "What is high bandwidth memory and why is the US trying to block China’s access to it?"
Hynix と Samsung がほとんどを製造してるんだから、アメリカが規制してもあまり意味ないのでは?
