構造が解けた
これは無理だろうと思っていた構造が解けた。無機化合物に慣れていないのもあり、空間群の決定に難渋したが、その過程で学ぶところが多く、愉快だった。
教訓:
- SuperFlip による空間群自動判定は、重原子の強いシグナルに引きずられ、軽元素な配位子を無視することがある。そのため、正解よりも高い対称性を出すことがある。
- 特殊位置にあるべき原子が少しズレていても、場合によっては精密化の局所解に陥ってしまって抜け出せなくなり、そのため、本来より対称性が低く見えることがある。
- Servalcat による精密化で、モデル(PDB) と強度(MTZ) の空間群が異なる場合、REFMAC をバックエンドにするときはモデルのほうを優先するが、Servalcat 自体を使うときは強度のほうを優先する。これはバグであり、報告済み。
