"Cootに元素を変更する機能を追加する"を実装してもらった。
phenix.reflection_file_converter --expand_to_p1 で F-centered cubic から P1 まで落としたら completeness が 0.25 に減ってしまってアレって思ったが、元々 systematic absence だった反射を 0 で埋めるんじゃなくて missing にしてしまうようだ。
読んだ
生物物理学会誌 「コンビニエントな RNA 切断ツール CRISPR Cas7-11 のクライオ電子顕微鏡構造解析」
INS ドメイン削ると duplex と触ってる部分が減るけど、認識できる長さが変わったりしないのかな。
逆に Cas7.1 側を削ると駄目なのかしら。そちら側が duplex 作るときのシードになってて、なくすと全く結合しなくなるのかしら。――と書いたら、著者自ら回答してくれた。Cas7.1 は crRNA repeat 配列(固定)を認識するために必須であるとのこと。生物物理学会誌 「病原菌の生存戦略: ヘム濃度センサータンパ ク質 PefR の作動メカニズム」
ヘム蛋白質萌えなので面白かった。蛋白質 N 末端のアミノ基が axial ligand になるとは珍しい。こういうの、不用意に末端に精製用タグをつけると活性がなくなって苦労するんだよね。
ただ、「生理的条件下ではヘムが PefR から解離せずに結合したままの状態になっている」という話と、CO 毒性からの防御については(元論文を見たらしっかり書いてあるのかもしれないが)説得されなかった。ヘムが結合したままだったら、センサーとして役に立たないのでは? それに CO 防御の根拠は?生物物理学会誌 「Large pore channel の構造とチャネルの開閉メカニズム」
興味深かった。Pore 部分に脂質二重膜が侵入することが本当に閉塞機構だとするなら、脂質の出入りの経路はもちろんのこと、チャネルが開く時に「押し出す」エネルギーがどこから来るかが問題だろう。Gasdermin は一度穴を作ったらそれっきりでいいけど、ここで議論されてる *nexin 系チャネルは開閉しないといけないので、なおさら謎。生物物理学会誌 「キャリアデザイン談話室 (16) キャリアパスの中程から」
気負わない感じのエッセイで読みやすかった。生物物理学会誌「海外だより: ～スタンフォードでの研究と生活～」
Diversity & inclusion についての講習を研究所が主催して構成員の出席を義務付けるのはよくあるけど、1 つの研究グループが自主的にやってるってのは、すごく意識が高いな。PC watch "Photoshop と Stable Diffusion で生成 AI 対決。ジェネレーティブ塗りつぶしを試してみた"
Adobe は邪悪なので高機能になってほしくないが、記事の最後のオチが良かった。PC watch "JEITA バッテリ動作時間測定法 Ver.3.0 発表。9 年ぶりに改訂"
4K 動画の再生負荷が、現実的な作業の負荷をどの程度反映するのか判断に迷うな。それに「現実的な作業」といっても、Web ブラウジングや事務処理とゲームでは全然違うだろうし、それぞれの人にとって参考になる値を出すのは難しい。Nature Communications "Cryogenic electron ptychographic single particle analysis with wide bandwidth information transfer"
This is potentially interesting but it is a pity that ptychography is heavily patented and the owner aggressively enforces it.
This paper says:"Distributions of ePIE code are subject to an agreed licence agreement with Phase Focus Ltd. and the authors of this paper are not permitted to distribute the ePIE code used under the terms of that agreement."
なろうで「モブな主人公 〜小説の中のモブだけど問題がある」の最新話まで追いついた(物語も終盤)。同作者の前作(「アースウィズダンジョン」)同様、やや文章に癖があるけど、それなりに面白かった。
