今日の生協食堂は、夕食時に副菜がほとんど売り切れていて、かぼちゃコロッケも冷奴もメニューにはあるのに在庫がなかった……。しかも、お茶も薄くてほとんどお湯だった。
Jana2020 と PETS2 は自由なライセンスでないしソースコードも非公開なので避けていたが、多重散乱を考慮した精密化ができる唯一のソフトなので、一度は体験して実力を評価しておかないと MicroED 従事者として共同研究者に対して不誠実だろうと思い、インストールしてみた。これから時間のあるときに tutorial を少しずつやっていく予定。
悲報: 小学生のときから 25 年以上 Linux 使ってるとりさん、ディレクトリ自身の permission を知りたいときの ls -ld XXX を知らなかった。あるいは過去にも調べたことがあるかもしれないが忘れていた。ずっと、1 つ上のディレクトリで ls -l | grep XXX してた。
Neural-network based CryoEM density modification
I agree with tweets by Sjors: 1, 2, 3, 4, while I strongly disagree with 5 and 6.
If "artifact problems" mean streaky maps, I would not call it an artifact. It simply reflects the lack of information along the direction. A neural network might be able to make it more isotropic, but it does not add any "real" information. It is just guessing.
A more intuitive example: a 5 Å map looks dull but we don't call it artifact. A neural network might make it like a 3 Å map but all the added details come from prior information stored in the network. It is a guess. It might be true, but is not supported by the experiment.
As Sjors wrote, it is fine to use such networks to help your map interpretation. But you must not forget that experimental information in the poor direction is absent when you discuss e.g. side chain interactions with a ligand, even if the modified map shows good densities. The situation is similar (albeit bit better) to discussion based on AlphaFold models in that it is probably correct but not backed up by experimental observations.
I won't refine atomic models against maps modified by neural networks or evaluate the resolution of modified maps.
読んだ
PC watch "2 万円台の最新激安 PC を 2011 年の Sandy Bridge ハイエンド自作機と比較。結果を動画で公開!"
だいたい同じくらいの性能だが、消費電力は当然 NUC のほうが圧倒的に少ないという結論。
「Sandy で十分おじさん」 なる概念があるようだが、実際、Linux を入れて Web ブラウジングしかしないなら十分なんだよなあ。とりさんも自宅では普段 Ivy Bridge 世代のノート PC を使っている。ノートなら消費電力も少ないし。ASCII "ロードマップでわかる! 当世プロセッサー事情 第 722 回 インテルの最新パッケージング技術で CPU が 100 × 100 mm に拡大 インテル CPU ロードマップ"
この手のパッケージング技術の話、何度聞いても分かった気がしない。各社の似たような技術の相違とか。CNN "Kathleen Folbigg: Mother who served 20 years for killing her four babies pardoned"
4 人の子供が全員 2 歳未満で死亡し、決定的証拠がないのに、「偶然子供が 4 人も突然死するはずがない」という理由で殺人罪で 20 年間収監されていた女性が釈放された。遺伝子変異で乳幼児突然死症候群が集積しうることが明らかになったため。この事件の再審のことは、昨年末に Nature でも話題になっていた。PC watch "生成 AI 画像は類似性が認められれば「著作権侵害」。文化庁"
元のスライドには「類似性や依拠性が認められれば」とある。従来の運用では侵害認定には両者が必要だったと思うんだけど、「や」ということは片方でいいってこと? それは大変化では?
――と戸惑っていたが、最高裁での凡例などから見てもAND の意味で解釈すればいいらしい1, 2。「と」と書いて欲しかった。PC watch も「類似性が認められれば」と片方でいいみたいな見出しになっていて、誤解が広がってしまいそう……
