0:15 ごろに寝ているのだが、4 時とか 5 時台に目が覚めることが多く、二度寝もうまく行かず、午後になってすごく眠くなったり頭痛がして困る。
EIGER 検出器のデータを binning する
EIGER 16 M のデータが無駄に大きい(特に SMX だと一度のビームタイムで 15 TB とかになってしまう)ので、binning することを考えた。2x binning なので、元の 4 pixels が新しい 1 pixel に寄与する。EIGER には module gap などの invalid pixel が多数存在する。Binning の結果、valid pixel と invalid pixel が混ざってしまうと厄介なことになるので、そういうケースがどのくらいあるか数えた。
import h5py import hdf5plugin f = h5py.File("scan01_master.h5", "r") # SPring-8 BL41XU EIGER 16M mask = f["/entry/instrument/detector/detectorSpecific/pixel_mask"][()] np.sum(mask != 0) # 1251259 mask.shape # (4362, 4148) = 18093576 pixels mask = mask.astype(np.int64) # originally np.uint32 mask[mask != 0] = -1 binned = np.zeros((mask.shape[0] // 2, mask.shape[1] // 2)) binned += mask[0::2, 0::2] binned += mask[0::2, 1::2] binned += mask[1::2, 1::2] binned += mask[1::2, 0::2] np.sum(binned != 0) # 312987 np.sum(binned == -4) # 312720 np.sum(binned == -3) # 22 np.sum(binned == -2) # 87 np.sum(binned == -1) # 158
見ての通り、ほとんどは 4 pixels 全部が invalid だった。1-3 pixel(s) が invalid だったやつを全部 invalid にしてもほとんどロスはない。
読んだ
"RSH で使用するポート番号を調べてみた"
なんと、rsh
は接続先から接続元へ逆にセッションを貼り直すらしい。クラスタの管理ノードから計算ノードをシャットダウンするスクリプトが RSH を使っており、管理ノードへの inbound 接続を遮断するようにファイアウォールの設定を厳しくしたら動かなくなっていたので驚いた。SSH を使うように変更。"DRGN-AI: Revealing biomolecular structure and motion with neural ab initio cryo-EM reconstruction"
ざっと流し読みしただけ。
This is an interesting approach to SPA pose estimation, but I wonder if this scales to higher resolution.Nature "Why cicadas shriek so loudly and more: your questions answered"
素数ゼミの話題が盛り上がってるな。- hapless: 不運な
Nature "Physicists coax molecules into exotic quantum state — ending decades-long quest"
分子とあるが、Na と Cs からなるものらしい。アルカリ金属同士でどういう結合してるんだ?- scupper: 台無しにする
Nature "Biomedical paper retractions have quadrupled in 20 years — why?"
これは、研究不正が増えたのか、検出しやすくなったのか、両方なのか、追求してほしい。BBC "Dan's the man: Why Chinese women are looking to ChatGPT for love"
中国人女性の間で、ChatGPT を脱獄して、理想の彼氏 bot にするのが流行してるらしい。すばらしい。CNN "Hunter Biden conviction shatters Trump’s persecution narrative"
Biden の息子も有罪になったので、共和党を司法が攻撃しているというトランプの陰謀論が反証されたという話。しかし共和党信者は、それすら見かけ上の陰謀だと主張しているらしくて草。
(以下はどれを読んでいたときの単語リストか分からなくなってしまったものが混ざっている)- so much for O: O にはうんざりだ
- comportment: 振る舞い
- call O's bluff: O にやれるものならやってみろと言う
- disrepute: 不人気
- stay above the fray: 論争に巻き込まれないでいる
- contempt of O: O (法廷とか)の命令に従わない罪、法廷侮辱罪
PC watch "ビル・ゲイツ率いる TerraPower、次世代原子炉「Natrium」の建設を開始"
へえ、他の企業はコストが跳ね上がってうまくいってなかったような気がするが、こちらはどうなるのかしら。BBC "Denmark recalls Korean ramen for being too spicy"
どれほど辛いのか気になる。ラーメンとあるが、実際には汁を捨てる、インスタント焼きそばみたいな調理法らしい。CNN "Why this meme stock frenzy is different from 2021"
実体に乏しいのにネットの盛り上がりで株価が上がる現象、meme stock って名前がついたのか。- gaudy: 派手な
BBC "GameStop raises over $2bn after Roaring Kitty rally"
まあ、風説の流布とかじゃないなら、祭りとして問題ないとは思う。いずれバブルははじけるだろうけど。