2013-11-16から1日間の記事一覧

DIALS のビルド

2016/05/04: 今は Installation — DIALS documentation にしたがって操作すればよい。本記事は歴史的な観点から残してある。DIALS のビルド方法はどこにも書いていない(!)のだが、@yam_cpp 氏による 動かしてみたい機能があったのでDIALSをビルドしてみた.c…

cctbxのビルド

最新の cctbx をビルドするには、http://cctbx.sourceforge.net/current/installation.html の一番下のセクションの指示に従えばよい。単純に svn でチェックアウトしてきただけだと、ccp4io を始めとする種々の依存関係が揃わないため、ビルドできない。cct…

substr と substring

R

R の substr と substring は、どの引数がベクトル化されているかで異なる。前者は第一引数(対象の text) 、後者は位置(first, last 引数)がベクトル化されている。両方をベクトル化したものはないので、注意が必要だ。 > substr('ABCDEFG', 1:4, 4:7) [1] "…

乱数の引数

R

R で、確率分布から乱数をサンプリングする runif や rnorm の引数はベクトル化されている。 > runif(10, min=c(0, 100), max=c(10, 110)) [1] 7.046310 103.526202 1.910480 103.118722 3.107876 102.799656 1.802613 109.406715 1.984414 [10] 102.594984 …

整数の一様乱数を得る

R

Rで一様乱数を得るには runif 関数を使う。ヘルプに、 runif will not generate either of the extreme values unless max = min or max-min is small compared to min, and in particular not for the default arguments. http://stat.ethz.ch/R-manual/R-d…

プロキシ設定をコンソールから変更

Mac

システムのプロキシ設定をコンソールから変更するには、networksetup コマンドを使う。プロキシサーバのアドレスを変更することももちろん可能だが、自分が使うのはオン・オフの切り替えのみ。 alias poff='sudo networksetup -setwebproxystate "Thunderbol…

dials.import で処理の準備をする

dials.import *.osc とすると、画像のヘッダを元に sweep.json と param.phil が作られる。sweep.json は { "__id__": "imageset", "template": "#####.osc", "beam": { "direction": [ 0.0, 0.0, 1.0 ], "wavelength": 1.5418000221252441, "divergence": 0…

dials.analyze_background を動かしてみる

MeanAndVarianceFilterMasked を MeanAndVarianceFilterMaskedDouble に修正。 BOOST_ADAPTBX_FPE_DEFAULT=1 dials.analyse_blank 00*.osc で、画像が表示される。

dials.background_lookup を動かしてみる

C++ 側がエクスポートする名前と Python が import する名前が一致していないのでdials/algorithms/image/filter/boost_python/ にある fano_filter.cc と mean_and_variance.cc を修正(3箇所)。その上で、 BOOST_ADAPTBX_FPE_DEFAULT=1 dials.background_lo…

scitbx と numpy

scitbx はビルド時に SConscript (scitbx/array_family/boost_python/SConscript )で numpy の有無を検出しており、ない場合は RuntimeError: numpy API not available を生じるコードにコンパイルされる。したがって、scitbx のビルド後に numpy を入れても…

dials.spotfinder を使ってみる

覚え書き: $ dials.spotfinder test-000[123].osc Configuring spot finder from input parameters Finding strong spots Finding spots in image 0 to 3... Extracted strong pixels from images........................................1.45s Merged 3 pi…

numpy の導入

Mac

一昔前までは、Mac OS X 付属の Python に numpy を入れるのは困難で、Python 自体を入れなおす必要があり、そうすると OS 付属やら fink 由来やら独自ビルドやらの python が混在して、ごちゃごちゃになっていくのが常であった。今は状況が整理されたようで…