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磁性の用語

いつも思うんだけど、paramagnetism の和訳が常磁性、diamagnetism の和訳が反磁性なのは、分かりにくいし英語(ラテン語)の感覚と少しズレていると思う。同じ「反」でも反強磁性というときは antiferromagnetism であって、anti と dia を区別しているのだから。Para は parallel を見ても分かるように、「寄り添う」イメージ。外部磁場と同じ方向の磁化ということで、英語は的確な命名である。従磁性などと訳してあればよかったのかもしれない。Diamagnetism の dia は diarrhera (下痢)、diameter (直径)などで分かるように、中を通る(through)イメージしかなく、英語には「反」の感覚がない。

ウィンドウの中でフルスクリーンモード

"Making Firefox fullscreen-like without actually maximizing the window" にあるように、Firefox の場合は about:config から full-screen-api.ignore-widgets: true を設定すれば、実際に画面全体を専有せずにフルスクリーンモード相当の表示ができる。Web 開発に便利である。また、国会図書館デジタルライブラリでは、フルスクリーンモードにしないとウィンドウを広げていっても一定の高さを超えると書誌情報などが映るようになるだけでコンテンツ表示領域が拡大しない。こういう時にも便利である。

PyMOL で低分子の全ての結合長をプロットする。

神に distance コマンドの mode=1 フラグを教えてもらった。

load opt.sdf
hide everything
distance dist, opt, opt, mode=1
show labels
show dashes
show spheres
set label_distance_digits, 2
set sphere_scale, 0.2

NWChem の MO をプロットする

DPLOT
 GAUSSIAN
 TITLE MO
 VECTORS molecule.movecs
 SPIN total
 ORBITALS view; 1; 78
 LIMITXYZ
 -8 8 50
 -8 8 50
 -6 6 50
 OUTPUT homo.cube
end

などとする。MO vectors (movecs) に軌道係数が入っているので DPLOT で Gaussian CUBE 形式にレンダリングする。LIMITXYZ(引数は min, max, step) をいちいち指定しないといけないし、軌道一つずつしか変換できないのが面倒。HOMO や LUMO の番号もログファイルから自分で探す必要がある。

Avogadro はバージョンによって読めなかったりするし、isosurface の半透明処理にバグがあるようで、変な縞が入ったりする。Jmol や PyMOL でも開いたほうがいいかも。

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