2024-04-21 (Sun)

雨で 18 度程度と気温が下がった。

Hydrogens and elements in MicroED maps

Hydrogen visibility in MicroED depends on the dataset. On some datasets they are very clear in 2Fo-Fc maps, while others need Fo-Fc maps. In some cases they are not visible at all. I don't know what causes the difference. Crystal thickness (dynamical effects)? XRD-178 is an example of MicroED datasets with good hydrogen densities.

X-ray scattering factors (F000) are linearly proportional to the number of electrons but electron scattering factors behave in a more complex way (even for neutral atoms). Sometimes I find it difficult to confidently assign elements when the molecule is nearly symmetric. Which is N and which is O in urea? Where is N in pyridine? The issue is about the accuracy/sensitivity, not visualization. You may assign wrong elements and R values and CC won't necessarily tell. Same for bond geometries. As in protein cases, the context (e.g. hydrogen bonding) is informative. In addition, other experimental evidences (e.g. MS, NMR, synthetic routes) are also useful. That being said, traditional chemical X-ray crystallography usually provides the final, definite structural evidence without any prior information and my clients (chemists) often expect this. I sometimes have to explain the situation is different with MicroED. In favorable cases MicroED provides a similar level of information as chemical X-ray crystallography. Sometimes MicroED provides only qualitative information (e.g. we can discuss packing arrangement in a crystal but not the bond lengths to 0.01 Å precision). In the most difficult cases even element assignments are ambiguous. My clients usually do not realize this so I explain this every time I start a new collaboration.

Which prior information is useful to what extent is a good question but I myself prefer methods that stand by their own. Of course integrative approaches are valid and useful when used well, but they are not what I want to pursue (one reason I left biology).

見た

  • "Why Circuit Breakers DON'T Protect People (electric shocks)"
    ブレーカーには規定電流を越えた瞬間に落ちるわけでなく、電流の大小で時定数が変わるものがあるそうだ。一瞬だけ巨大な突入電流 inrush current が流れるような機器を使う場合は、このほうがかえって便利だという。

2024-04-20 (Sat)

明日が雨の予報なので、やむなく今日洗濯した。

見た

  • 「夜のクラゲは泳げない」2 話を見た。
    主人公は過去に自分の絵をけなされたのがトラウマになっているにも関わらず、他人の絵を「変な絵」と言ってしまうのは違和感がないでもないが、他人の作品をまったく批判しないというのも不健全だし、むしろ、過去を乗り越えたと解釈すべきなのかもしれない。

  • 「ダンジョン飯」16 話まで見た。
    2 クール目に入ってから、ちょっと失速してる気がする。探検や食事要素が減って、人物の掘り下げになってるせいかな。

  • 「うる星やつら」37 話を見た。
    甲冑姿の飛鳥が怪力を発揮したりトンチンカンな行動をするの、メカ娘に脳内変換すると大変萌える。

2024-04-19 (Fri)

読んだ

2024-04-18 (Thu)

午後、非常に眠かったせいか、帰宅時に間違えて一つ下の階のドアに鍵をつっこんでしまって、回らないので気づいた。やらかしたなあ。不審者だと思われただろうよorz

Composite map は邪悪

Composite map に対して精密化したモデルの是非を問うツイート を見た。

またこの話題か……。みんな好き勝手なことをしてグダグダだから、構造生物学からは距離を取りたいところなのだが、神がわざわざリンクを送ってきたのでコメントした。

まず、「実験構造として扱う」という質問が意味をなさない。ある程度は実験を反映しているし、ある程度は artifact を含むわけで、白黒つけるようなものではない。

この手の問題に対してはいろいろな流儀があり、構造をきちんとすることを第一目的と考える派閥と、生物学的な解釈ができれば十分と考える派閥との間でも考え方が違う。とりの考えとしては、TM 部分と G 蛋白質部分それぞれを focused refine し、別々の PDB と EMDB エントリとして登録するのが理想的。全体構造に意義がある場合は、全体を含む(やや低分解能の) consensus map に対して上の方法で作ったモデルを restraints 強めで精密化し、これを 3 つめの PDB/EMDB エントリとして登録するのも良いだろう。Composite map はつなぎ目などに artifact が生じうるし、必ずしも実際の粒子の状態を反映しないので、存在意義がないと考える。

そもそも、なんで生物学寄りの人は全体構造を登録したがるのか、とりには理解しかねる。リガンド結合部位とか TM/G interface とかの細かい議論は、分解能が高い focused map とそれに対して精密化した部分モデルに対して行うわけだから、それで十分だろう。一方 TM と G の角度にゆらぎがあるといった分子全体の議論なら、conformation dynamics の全貌に意味があるわけで、その中の一状態だけに対してわざわざ atomic model を作って精密化することに意味があるのか疑問。その上、実際には側鎖の位置まで見えているわけではないのに、focused map という consensus map とは異なる特定の状態(粒子集団)に対して精密化した原子モデルを置くことで、細部まで見えているかのような誤った印象を与える。

Flexible な全体構造について、低分解能でよいからドメインの位置関係に興味があるケースがあるのは理解できる。しかし、高分解能の情報がないし、構造にゆらぎがあるにも関わらず、一つの構造で代表させて、ろくに見えてもいない側鎖つきモデルとして登録するのは違和感がある。主鎖だけだがいろいろなコンフォメーションの ensemble として表現するとか、あるいはドメイン同士の角度分布のヒストグラムでも作ったほうがマシなのでは。

3.5 Å 以上くらいのデータ・5 Å くらいまでのデータ・それ未満の低分解能データ(例えば、7 Å のマップに AlphaFold2 のモデルを rigid body fit したようなもの)では、含まれる情報が違うので、表現方法も登録方法も検証方法も異なるべきだと思うだが、今は一括りなのがとりとしてはつらい。

いずれにせよ、こういう話をしても宗教戦争にしかならないし、科学の問題じゃなくて政治の問題なので、もう、とりは関わりたくない。十分傷ついたし。「自分の考えた最強の validation metric」を採用させようとゴリ押しする人が少なからずいるし、そういう下心がない善意の人であっても、上に書いたように目的意識は人それぞれ。とりは構造生物学からは撤退した。今は構造化学屋(低分子の MicroED)だ。

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2024-04-17 (Wed)

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2024-04-16 (Tue)

今日は長袖 T シャツに薄いカッターを羽織っていったんだけど、帰りにスーパーに寄るために急ぎ足で歩いたら、すっかり汗をかいてしまった。

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見た

  • 「声優ラジオのウラオモテ」1 話を見た。
    うーん、自分が声優ラジオという文化を知らないからかもしれないけど、ちょっと取っ付きにくかった。声優百合モノだと、カクヨムの「ふつおたはいりません!」が素晴らしすぎるからなあ。

  • 「アストロノオト」2 話を見た。
    1 話の面白さがきちんと継続できている。

2024-04-15 (Mon)

八重桜が満開である。クヌギやケヤキなども葉が開いてきた。

生協で隣にいた外国人女性二人が、典型的な Valleyspeak (カリフォルニア女子英語) で興味深く、つい like の数を数えてしまった。上でリンクした Wikipedia では、文末の上昇、like を引用の目的で使う、like を間投詞として使う、vocal fry などの特徴を挙げている。でも、literally はあまり言ってなかったな。

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