2023-06-22 (Thu)

RHEL の source code が限定公開になる件で世間が騒がしい(1, GPL の影響, 2)。とりは、たしか中学・高校の頃は Red Hat 系である Vine Linux を使っていたが、Fedora が出て間もない頃に試して yum のあまりの遅さに発狂し、それ以来 Debian 系を使うようになったので、RHEL 系がどうなろうがどうでもよいw でも、研究所に入れる計算機、業者が Debian 系はあまり経験がないので Rocky Linux にさせてくださいと言ってるんだよなあ……

先々週の土曜日は生協食堂が大混雑。オープンキャンパスにしては若い人が少ないなと思ったら、工学部で在校生の保護者に対する説明会なるものをしていたらしい。今の大学は親にも説明したり大変だなあ……。 バイトしないで勉学に集中できるよう支援してあげてくださいとか言ってるなら有益だけど。

今日のセミナーで面白い話を聞いたので、論文で確認した。食肉目の多くでは甘み受容体が偽遺伝子化して失われている(例えばネコ)が、草食のパンダは逆で、甘み受容体を持っているが旨味(アミノ酸)受容体を失っている。鳥類の多くも甘み受容体を失っているが、蜜を食べるハチドリは旨味受容体で糖も認識するようになっている。

Acta. Cryst. A "Crystal diffraction prediction and partiality estimation using Gaussian basis functions"

I enjoyed reading this (but the math and notations were hard to follow in some places). But where is the source code? Will this be part of CrystFEL? There is no availability statement.

It is impressive how well predictions match observations. This approach has some similarities to the algorithm in dials.potato, which is now dials.ssx_integrate. That is described in James Parkhurst's PhD thesis Chapter 5.

The partiality plots are wonderful. I know how hard it is to model partialities of still diffractions. I myself worked on this more than 5 years ago and failed. Unfortunately, as the authors admit, it isn't clear where the improvement came from. There are many changes in addition to the partiality (e.g. error model) and no ablation studies were performed. Also note that R factors are not good metric for comparison because it is sensitive to B factors.

Appendix D is interesting. The distribution of partialities might not be a proper probability distribution, in which case Monte Carlo integration does not converge. I had this question in 2019 and am glad to see someone studied this carefully.

Another interesting point is that this Gaussian model worked for SFX datasets, even though crystals used in SFX are very small and contain only a few mosaic blocks (see James Holton's slides around 2018) and XFEL's SASE spectrum is very jagged.

Memo for myself:

  • In Eq. 22, (fs) means the derivative at fs, not multiplication by fs.

  • In Section 5.2, probably a reference to Appendix A1 is missing. This made the logic very hard to follow.

読んだ

  • Nature "General cross-coupling reactions with adaptive dynamic homogeneous catalysis" と ReadCube こういう有機化学の論文で最近 Nature や Science に出るやつ、膨大な量の反応を示しているものの、反応機構の考察は少ないやつが多くて、正直言って微妙。試薬会社のカタログじゃないんだから、反応スコープの一覧を図と言葉で限られた誌面に載せるより、機構の考察をしてほしいなあ……。Supplementary Figure にはあるのかなと思って見てみたが、"dynamic system of Ni complexes" とあるだけで、全然詳細が分からない。特にこの論文は、"adaptive dynamic" という点に目新しさがあるんだから、その部分をちゃんと調べてほしかった。
    あと、sulfinate を反応させて sulfonate ができるのが興味深い。C-O 結合ができるんじゃなくて C-S になるのが不思議。

  • BBC "Missing Titanic submersible: The factors that could affect crew's oxygen supply"
    低酸素に加え、CO2 蓄積や低体温も課題(ただしこれらは酸素消費量を減らすほうに働く)。というか、「人が減れば酸素が長持ちする」って自決したり殺し合いになったりしないよね……?
    この潜水艇遭難事件、集音装置をあちこちに展開しているらしいが、集音装置自体に指向性がなくても、音のそれぞれの地点への到着時刻の差から距離の違いを求めれば音源の位置が決まるのではと思ったけど、海水温度・海流・密度によって音速に違いが生じ、界面では反射や屈折も起きるから難しいんだろうな。

  • Nature "Signalling by senescent melanocytes hyperactivates hair growth"
    Abstract と図しか見てないが、Open Access なので紹介。母斑(ほくろ)から太くて長い毛が生えるのはよく見る現象だが、その分子機構の研究。こういうところから育毛剤のヒントが得られたりして。

  • Science "Can ‘toxic’ bilirubin be put to medical use?"
    黄疸の原因として悪者扱いされている bilirubin だが、抗酸化作用があり、臓器保護的に働く面もあるのではという話。実際、やや値が高めの人のほうが、いくつかの疾患になりにくいという。鳥類・爬虫類ではヘム分解物を水溶性の別の物質として排泄する云々とあるが、これは前駆体の biliverdin のことのようだ。これらの生物は biliverdin reductase を持たないらしい。

  • Science "How the molecules of life became one-handed"
    Chiral な分子の spin は磁鉄鉱 magnetite の磁場に対して chiral な相互作用をするため、この上ではラセミ混合物が自然分晶する時、片方の hand の分子のほうが析出しやすくなるらしい。面白い。Ribonucleoside の起源となったであろう ribo-aminooxazoline で実験したらしいが、radical じゃないから spin はぜんぶ paired なはずだけど、なぜこんな効果が起きるんだろう。分子軌道が spin で非等価になってる必要があるのでは?

  • Science "NIH’s data policy for foreign partners stirs outcry"
    海外の人だけ生データを提供しろというから不公平感だって文句を言う人が現れる。研究の透明性が大事なのは誰にでも当てはまるんだから、米国内も含めて実施すればよろしい。あと、データを管理したりする専任スタッフを雇える有名・巨大ラボが有利で、そんな余裕がない小さいラボに不公平だって文句を言う人もいるけど、データをきちんと管理・公開するのは科学者として当然のことであって、それすらできないなら、そもそも研究に参画すべきではない。

  • Nature "Tanzania’s researchers offered US$22,000 to publish in international journals"
    教授の平均月給が US$844 の国らしいので、2 年分! このボーナスはさすがに大きすぎるのでは……

  • Science "Taking the lead"
    The author seems to be enjoying the challenges and responsibilities of being a leader but I would not. I would never take on such a role.

  • Science "First aid for the psyche"
    読んだ。

見た