twinning のテストにはいろいろな手法があるが、空間群の間違い(ここでは真の対称性よりも対称性の低い群を選んだ場合を指す)や回転偽対称の存在にも強いのは、R vs R plot だと思われる。実行方法も簡単で、phenix.xtriage にPDBファイルと構造因子をつっこ…

普段 Python は PyMOL の拡張を書くときくらいしか使わない「にわか」なので、文字コードとかいろいろなところで引っかかっている。今回はモジュールについて。例として cctbx を挙げているが、他のモジュールでも同じである。cctbx は互換性問題などのごた…

昨日のエントリでスムージングがうまくいかない旨を記載しましたが、うまくいく方法を見つけたので報告します。左が古い方法、右が新しい方法で取り込んだものです。旧法ではヘリックス部分に三角形のポリゴンが見えていますが、新法では滑らかに表示されて…