はじめに

興味深く思ったことを書いていこうと思う。何もかもつまらなく感じて辛くなることがあっても、今、面白いと思ったことは本当なので。その一方で、持病が悪い相にある時は、愚痴っぽいことを書いていることも多い。そんな恥をあえて晒している理由は、精神不調に書いた。

全角のシャープ(#)は、もっと書くべき・要検討・あるいは直したいが、とりあえず公開してしまう場合につける目印である。本来#がなくなってから公開すべきであるが、完成度100%を待っていると下書きが増えるばかりで、吐き出せるものも吐き出せなくなるので。特に、しばらくは、下書きに溜まった大量の原稿を処分することから始めたい。

学問・技術的な話については、twilog を発掘していただいたほうが良いかと。
→ 2023 年 4 月以降、Twilog が新規収集を停止したため、Twitter での発言をここに転載している(正直面倒)。

2024-04-26 (Fri)

SSH port-forwarding

いつも -L-R オプションの順序が分からなくなるので、再確認した。

どちらであっても、"[bind_address:]port:host:hostport" となっており、左に書いた bind_address:port で待ち受けて、host:hostport へ転送する。L の場合は左が local (ssh コマンドを実行した側)だし、R の場合は左が remote (ssh コマンドで接続した先)となる。

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2024-04-25 (Thu)

CrystFEL 0.11.0 を SACLA HPC に入れるのはほんと大変だった。その上、旧バージョンとの互換性が破壊されている。

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2024-04-24 (Wed)

Mac OS 13 のスリープまでの時間

Mac OS 13.6.6 にリモートで接続したかったので画面をロックしておいたところ、本体もスリープしてしまったのか、接続できなかった。ネットワークには、外部ディスプレイ(Dell P2723QE)についている ethernet ポートで接続している。ロックしたことで画面がスタンバイモードに入るとネットワークも落ちるのかと思って調べたが、そうではなさそう。ということは、画面ロック後しばらくすると本体がスリープするということのようだが、そのタイマーをどこで設定するのかが分からない。昔は Energy Saver とか Battery の詳細設定からスリープまでの時間を指定できたが、今はできないようだ。Lock Screen ではロックしたときに画面がオフになるまでの時間を設定できるが、自分の場合、アダプタ接続時は 30 分と指定しているにも関わらず、実際にはロック直後に画面がスタンバイになるし、機能していないように見える。

結局、caffainate -s しておくことで、スリープしないで済んだ。なお、用が済んだあと、このプロセスを止めて pmset sleepnowshutdown -w now したがすぐにはスリープしなかった。しかししばらく放っておいたらスリープした模様。どうもよく分からない。

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2024-04-23 (Tue)

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2024-04-22 (Mon)

生協食堂で夕食を食べていたら、隣に座った学生二人が原神ガチ勢っぽくて、元チャがどうとか率ダメがどうとか今はフィッシュルに渡している何かの聖遺物を行秋に返したいとか話していて、おーと思った。原神の話を周りで聞くのは初めてだ。というか、自分が学部生だったころは、生協食堂のテーブルでカードゲームやってる学生までいたが、最近の学生は真面目というか TPO を弁えているというか、原神に限らずゲームの話を聞くこと自体がほとんどなくつまらない。

先週の中頃から体中がかゆい。頭、足の甲、膝のあたり(伸側)など。特に風呂を出てから布団に入った頃がいけない。発疹など見た目の所見はなし。

「夜のクラゲは泳げない」2 話に触発されて、ラフマニノフの Vocalise を聴いた。以前聴いた時はなんかよく分からん曲という印象だった気がするが、今回は気に入った。バロックの宗教音楽っぽささえ感じた。

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2024-04-21 (Sun)

雨で 18 度程度と気温が下がった。

Hydrogens and elements in MicroED maps

Hydrogen visibility in MicroED depends on the dataset. On some datasets they are very clear in 2Fo-Fc maps, while others need Fo-Fc maps. In some cases they are not visible at all. I don't know what causes the difference. Crystal thickness (dynamical effects)? XRD-178 is an example of MicroED datasets with good hydrogen densities.

X-ray scattering factors (F000) are linearly proportional to the number of electrons but electron scattering factors behave in a more complex way (even for neutral atoms). Sometimes I find it difficult to confidently assign elements when the molecule is nearly symmetric. Which is N and which is O in urea? Where is N in pyridine? The issue is about the accuracy/sensitivity, not visualization. You may assign wrong elements and R values and CC won't necessarily tell. Same for bond geometries. As in protein cases, the context (e.g. hydrogen bonding) is informative. In addition, other experimental evidences (e.g. MS, NMR, synthetic routes) are also useful. That being said, traditional chemical X-ray crystallography usually provides the final, definite structural evidence without any prior information and my clients (chemists) often expect this. I sometimes have to explain the situation is different with MicroED. In favorable cases MicroED provides a similar level of information as chemical X-ray crystallography. Sometimes MicroED provides only qualitative information (e.g. we can discuss packing arrangement in a crystal but not the bond lengths to 0.01 Å precision). In the most difficult cases even element assignments are ambiguous. My clients usually do not realize this so I explain this every time I start a new collaboration.

Which prior information is useful to what extent is a good question but I myself prefer methods that stand by their own. Of course integrative approaches are valid and useful when used well, but they are not what I want to pursue (one reason I left biology).

見た

  • "Why Circuit Breakers DON'T Protect People (electric shocks)"
    ブレーカーには規定電流を越えた瞬間に落ちるわけでなく、電流の大小で時定数が変わるものがあるそうだ。一瞬だけ巨大な突入電流 inrush current が流れるような機器を使う場合は、このほうがかえって便利だという。