2023-05-11 (Thu)

今日も 5:30 に目が醒めたが二度寝に成功した。

家からラボまでは普通に歩くと 900 m で 10 分かからないのだが、今朝はあまりに天気がよいので、運動を兼ねて、遠い方の通用門から行く 2.65 km のルートを選択。30 分弱かかった。帰りは 1.4 km のルートで帰宅。

とにかく明るい安村」という芸人さんが、イギリスの Britain's Got Talent というオーディション番組に出て大受けしたらしい。知らない人だが、知ってる番組だったので見てみたら、たしかに面白かった。

relion_reconstruct --newbox --ewald

relion_reconstruct --ewald --newbox was repaired. If relion_reconstruct gives a significantly worse resolution than Refine3D, specify a smaller (tighter) box size in --newbox. This happens when the box size is very large compared to the particle size.

When the box size is huge, we need a finer angular sampling to fill all voxels. If the data quality is not good enough to distinguish neighboring orientations, Refine3D marginalizes over them, so we don't have gaps and there are no problems. In contrast, relion_reconstruct does not perform marginalization. Thus, the multiplicity of voxels goes down and they become noisier. Real space masking won't help, because averaging of local (in the reciprocal space) voxels happens only after division by weights.The --newbox option avoids this problem by backprojecting into a smaller box. A smaller box means two neighouring angles become equivalent and averaged. Note that you don't have to worry about CTF delocalization when specifying the reconstruction (not extraction!) box size.

In summary, extract in a box large enough to account for the CTF and - if you use Refine3D: the above issue does not affect you - if you use relion_reconstruct and the resolution is worse than Refine3D: give a tight box size in --newbox.

Julia 1.9

"Julia 1.9 Highlights"

待望のパッケージの読み込みが速くなった Julia 1.9 が出たのでインストールした。

インストール済みパッケージは、After upgrade to Julia 1.7.0, how reinstall all my old packages に従って ~/.julia/environments/v1.8/Project.toml~/.julia/environments/v1.9/Project.toml へコピー後 Pkg.instantiate() で一気に再インストール。ただ、一部のパッケージのインストール時に参照される環境変数を再設定しなかったので、CUDA toolkit などが無駄にインストールされてしまった。

Julia 1.8 とそのパッケージ群は、rm -fr ~/.julia/environments/v1.8 したあと、Pkg モードで gc --all して消した。Jupyter Labs のカーネル~/.local/share/jupyter/kernels/ から該当フォルダを消すだけ。