PyMOL と VMD の selection syntax まとめ

思いつくところから増やしていく。

PyMOL	VMD	説明
resi 1+5+6	resid 1 5 6	残基番号
resn PHE+TYR	resname PHE+TYR	残基名
name C+N+CA	name C N CA	原子名 (元素ではない. CA はα炭素)
X within 3 of Y	X and within 3 of Y	VMD では and が必要。なお、このあとに and をつなげると、優先順位的に Y の一部と認識されるので注意。
byresi X	same residue as X	範囲の拡張
resname C*	resname "C.*"	VMD は "" で囲むことで正規表現が使える。"C.[1-9]" なども可能。ただし Trajectory Tool などではエラーになるようだ。