覚え書き:
$ dials.spotfinder test-000[123].osc Configuring spot finder from input parameters Finding strong spots Finding spots in image 0 to 3... Extracted strong pixels from images........................................1.45s Merged 3 pixel lists with 38751 pixels.....................................0.00s Extracted 6818 spots.......................................................0.03s Calculated 6818 spot centroids.............................................0.03s Calculated 6818 spot intensities...........................................0.00s Filtered 983 spots by number of pixels.....................................0.00s Filtered 876 spots by peak-centroid distance...............................0.00s Saved 876 reflections to strong.pickle.....................................0.01s
こんな感じで使う。画像を1枚しか指定しないと、dials/algorithms/peak_finding/spot_finder.py の sweep.get_array_range() あたりで
'ImageSet' object has no attribute 'get_array_range'
という訳のわからないエラーが出る。
これは、画像が複数か1枚かで、内部で使われるクラスが切り替わるため。(とはいえ、例外出して死ぬのは不親切だと思う)
出力は、strong.pickle というファイルである。pickle は、Python でオブジェクトをシリアライズするための形式。ヘルプでは .pkl という拡張子になっているので紛らわしい。
$ dials.print_reflection_stats strong.pickle |head -0.37 0.00 0.06 -0.73 0.00 0.11 582.0 0.34 0.00 0.14 0.68 0.00 0.28 299.0 -0.17 0.00 0.17 -0.33 0.00 0.34 295.0 -0.26 0.00 0.12 -0.53 0.00 0.24 387.0 ...
として dials.print_reflection_stats で確認できる。
＃各カラムの意味
