Building a pseudo-atomic model of the anaphase-promoting complex Acta Cryst. D69 (2013) は、昨日紹介したのと逆方向で、電顕による複合体のマップに、XRD で得たサブユニットをどうはめていくかという件の実例。
- 形状によるマッチング
- 一部サブユニットを欠失した複合体との差density
を使っている。また、単粒子解析では 150kDa くらいはないと解析困難らしいが、Fab をつけて大きくすることで 100kDa くらいの"小さな"蛋白質も見られるようになるらしい。この手法は、Nagoya Symposium でも聞いたなあ。
MRC-LMB の Scheres lab が作っている RELION というソフトは、単粒子画像のクラスタ化・平均化・三次元再構築にベイズ理論を取り入れた現代的な取り扱いをしているらしい。この論文あたりから、電顕の勉強もしたい。
また、本論文で紹介されている MDFF (Molecular Dynamics Flexible Fitting) って、例の HIV カプシドの論文で使われていたやつだ。
