今精密化している構造は、solvent content が 70% 以上あって、packing が緩い部分もあり、分解能のわりに電子密度が汚い部分がある。
そのせいか、直しても直しても、Ramachandran plot の favored が 95% くらいより改善しない。Molprobity で 98% 以上にしろと書いてあるが、そんなの夢のまた夢。手で直して 97% くらいにはできても、精密化するとすぐ壊れる。weight を変えたり、(非推奨の) Ramachanran restraint をかけても、良くならない。Ramachandran を良くすると、C beta outlier が増えたり、rotamer が壊れたり、モグラたたき状態。
ここ3週間くらい、ひたすら、直しては壊れ、直しては壊れを延々と繰り返している。ただでさえも精神不調なのに、もうアタマがおかしくなりそう。
R factor とか、bond や angle RMSD は、分解能ごとの統計と比べても悪くないのだから、これで良しにしてしまいたい。100点満点とは言えずとも、合格範囲の構造にはなったのではないかと思うんです。時間的にも、技術的にも、精神的にも、そろそろ私の限界です。もう勘弁してください……
全然いいたいことが書けていない!!! が、書きなぐったまま残しておく。
