Ramachandran plot の outlier の基準は、PDB登録数が増えれば、それに応じて改訂されるべきものである。印象としては、Coot は厳しく、Molprobity は寛容、PROCHECK は中間。
ccp4bb の2007年のこの発言によると、PROCHECKはオワコン、Molprobity を使っておけということらしい。実際、最近の論文の Table. 1 を見ると、Molprobity を使っていることが多い。
この質問のように、論文の査読者は昔の基準がアタマに染み付いていることもあるので、きちんと反論できるようになっておくことが大切か。その点では、分解能を決めるときの I/sigma, R merge, CC 1/2 についてもまた調査してまとめたい。
