可視化のポイントは、余計なものをいかに省いて要点だけを際立たせるかである。
類縁の蛋白質の構造を重ねて比べた図はよく論文で見かけるが、PyMOL のデフォルト設定のままでは cartoon 表示の帯が太すぎて奥の部分を隠してしまい、全体像がつかみにくくなってしまう。
cartoon の太さはいくつかのパラメータで調節できる。oval はヘリックス部分、rect はシート部分、loop はループ部分。他にもいろいろあるが、とりあえず以下の設定がお勧め。
set cartoon_oval_length, 0.6 set cartoon_oval_width, 0.15 set cartoon_rect_length, 0.6 set cartoon_rect_width, 0.25 set cartoon_loop_radius, 0.15
＃図を入れる
