os.system は、サブプロセスの実行が終わるまでブロックする。& をつけるとブロックしない。Python のスレッドは、daemon フラグが立っていないと、それが終了するまで python インタプリタが残る。daemon フラグが立っていると、他のに合わせて自動で死亡す…

Ubuntu 14.04 LTS で、CPU 周波数の自動調節機能 Enhanced Speed Step Technology (EIST) がうまく動作していないことに気づいた。Core i7-3970X でも Core i7 870 でも同様だ。/proc/cpuinfo を見ると、いつも(TurboBoost 前の)最高周波数で動いているよう…

画像回転のための準備。 m <- matrix(1:12, 3) nc <- ncol(m) nr <- nrow(m) m t(m)[seq(nc,1),] m[seq(nr,1),seq(nc,1)] t(m)[seq(1,nc),seq(nr,1)]

まだまだ続くよ。xfel/metrology/mark0.py には、CSPAD のピクセルサイズと厚さがハードコードされている。rstbx/bandpass/parameters.h は、use_case_bp3 が使うパラメータを集めた parameters_bp3 クラスのほか、検出器の parallax correction を行う pad_…

bash のシェルスクリプト内で background job を立ち上げた場合、最後に wait を入れないと、job の完了を待たずにスクリプトが終了してしまう。したがって、job も共倒れになってしまう。例えば、TORQUE を使って 30 並列で SHELXE の条件検討を行うスクリ…

先日、@yam_cpp 氏に watch コマンドを教えてもらった。これは、定期的にコマンドを実行して、結果をフルスクリーンで(=再実行ごとに clear を実行して)表示する。解説は watch でコマンドを延々と実行する - いますぐ実践! Linuxシステム管理 / Vol.223 が…

1年前に Post-refinement についての覚え書き - biochem_fan's note を書いた。その後、シリアル結晶学への応用が急速に進み、2015年に至って、ついに効果が立証された。これらの進展について説明しよう。Rossmann, M. G., et al. "Processing and post-refi…

いったん分かりだすとペースが早くなり、ここにメモを書くのがもどかしくなって、メモをせずにどんどん進めてしまった。要点だけ。cctbx.xfel はスポット検出に distl.spotfinder, 指数付けに labelit を用いている。これらは画像ファイルへのアクセスに iot…