6/21 に Twitter に書いた事から再録。ウィルスの殼で見られる正二十面体対称性 icosahedral symmetry がやっと理解できた。幾何が苦手で、いつもすっきりしなかったのだ。 向かい合う面の中央を貫く3回軸が 20 / 2 = 10本 向かい合う頂点を貫いて5回軸が 12…

初等的な中心極限定理 CLT の説明では、i.i.d な(=共通の母分布から独立にサンプルした)確率変数の和について述べているが、条件を緩めて i.i.d を外すことができる。これがLyapunov 型 CLTである。構造因子の和が二次元正規分布になることを示すのに使うの…

単位胞の Fraunhofer 回折像は、フーリエ変換である。単位胞そのものは周期性を持たないので、フーリエ変換は連続である。空間に無限に広がる理想結晶は、単位胞とパルス列の畳み込みで表される。その回折像は、単位胞のフーリエ変換と、パルス列のフーリエ…

2016/05/04: 本記事は歴史的な意味で残してある。現在では、チュートリアル の通りに操作すれば処理できるし、SPring-8 の reverse phi も自動で認識される。DIALS の積分が、ついに SPring-8 BL41-XU のデータセットで完走できたのでメモ。 データブロック…

CrystFEL で指数付け・積分して得られた反射強度を、cctbx.xfel に含まれる cxi.postrefine でスケールしてみようとした。CrystFEL 付属の partialator がまだ experimental な段階であり、ほとんどのフレームで最適化が発散してしまうためだ。その理由は、…

cctbx.xfel に含まれる cxi.postrefine の使い方のメモ。たぶん世界初。 Indexing individual stills - cctbx_xfel が参考になる。インストール方法も、この wiki を参照のこと。 画像の変換 まず、画像を pickle 形式に変換する。 cxi.image2pickle *.img …