2014-03-01から1ヶ月間の記事一覧

DPS アルゴリズムを理解するための習作 -フーリエ変換による周期の検出-

DPS アルゴリズムでは、逆空間での散乱ベクトルを一次元に射影し、その長さの周期性をフーリエ変換によって検出する。例えば a* 軸長が L の結晶で散乱ベクトルを a* 方向に射影したとすると、(1, k, l) という反射は全て長さ L に射影されるし、(2, k, l) …

Post-refinement についての覚え書き

Post-refinement について、 Rossmann, M. G., et al. "Processing and post-refinement of oscillation camera data." Journal of Applied Crystallography 12.6 (1979): 570-581 を読んでいる。主な流れは以下の通り。 通常の指数付けと積分を行う。格子定…

結晶の不完全性の影響

スペクトル幅 ビームのスペクトル幅(spectral dispersion) は、Ewald 球の半経に幅を作る。したがって、Ewald 球の「厚みのある」表面で反射が観測されるようになる。 モザイク性 結晶のモザイク性 mosaisity の影響により、逆空間における格子点 (reciploca…

PyMOL と VMD の selection syntax まとめ

思いつくところから増やしていく。 PyMOL VMD 説明 resi 1+5+6 resid 1 5 6 残基番号 resn PHE+TYR resname PHE+TYR 残基名 name C+N+CA name C N CA 原子名 (元素ではない. CA はα炭素) X within 3 of Y X and within 3 of Y VMD では and が必要。なお、こ…

STAP細胞関係のゲノムデータを解析してみた

本記事の目的と注意 注意! 私は、NGS については amplicon sequencing の解析経験(しかも半年)しかない。本記事は、データを解析して、STAP論文(Obokata et al, Nature 2014. Article と Letter)に対して何らかの結論を導くのが目的ではない。これだけリード…

R の離散フーリエ変換

R で離散フーリエ変換を行う方法は以前にも確認したが、DFT には 1/N をつける位置などにいろいろな流儀があってややこしい。一歩一歩内容を確認しながら検証した。 一次元 N <- 128 x <- seq(from=0,length.out=N, by=1/N) v <- 2 + 3 * sin(x * 2 * 2 * pi…