続いて、Cambridge Botanical Garden に行った。学生証を見せると入場無料になるはいいが、季節柄、あまり花は咲いてなかった。温室も、私の好きなラン科植物がほとんどなくて残念。コレクションもありきたりだった。あと、温室の温度と湿度が高すぎだと感じ…

昼食のあと、GP (General Practitioner)の登録に行った。留学生でもイギリスの健康保険制度(NHS) に加入できるのである。保険料はとくにいらない。その代わり、予約をとるのに何日もかかる(風邪なら待っているうちに治ってしまう)とか、自分の登録した病院で…

今日は初めて college で昼食を食べてみた。日本の大学生協とは雰囲気が全然違って、長テーブルにぎっしり一緒に座るスタイル。カレッジによっては、学生とフェロー(教授とか研究員とか)を別々に座らせるところもあるそうだが、私のカレッジは距離を隔てない…

さて、気づいたら夕方。普段はスーパー (Sainsbury's) が23時までやってるが、日曜日は17時で閉まってしまうのをすっかり忘れていて、夕食が入手できない! 宿舎のそばにある Sir Isaac Newton というパブで jacket potato を注文した。5.5£。そうしたら、大…

食事した後、留学生向け新歓イベントの1つ、市内の案内ツアーに参加した。観光名所を紹介するわけではなく、スーパとか書店とか、生活に便利な店の場所を教えてくれるものだ。その後、お茶会に参加。紅茶とスコーンなど。

所属する College には、ジムとプールがついている。ジムやテニスコートを持っているカレッジはたくさんあるし、Trinity のような伝統と資産のあるカレッジは、専用のフットボール場を持っていてびっくりさせられるのだが、プールを持っているカレッジはたし…

International Student Week という有志学生による新歓イベントで、Cam river で punt に乗せてもらった。イタリアのヴェネチアで有名なゴンドラに似た、細長いボートである。船頭は船尾に立って 3m ほどの棹で舟を進める。今日は、大学院2年目の先輩らが案…

無事にCambridge に到着している。日記的記録は書いてはいるのだが、生活のためのいろいろなものを買ったり、慣れたりするのと、関係各所へメールを書いたりするのに忙しくて、ここに記載している余裕がない。そのうち更新します。

記録のため、さかのぼってメモから記載中。執筆時と日付は一致しません。Heathrow Lodge で一泊したあと、coach で Cambridge へ向かった。まず、無料バスと Heathrow Express を乗り継いで Terminal 5 から Terminal 1 に戻り、Central Bus Station へ。乗…

記録のために、さかのぼってメモから記述中。投稿日と日付は一致しません。London Heathrow Airport には 17時過ぎに到着した。学生ビザを持っていたせいか入国審査もごくスムーズで、事前に登録していた指紋と照合されただけだった。以前に summer student …

設定の「共有」から、インターネット接続の共有ができる。Mac Book を無線LANのアクセスポイントとして動作させることもできるし、Bluetooth 経由で Android や iOS デバイスにネット接続を提供することも可能だ。有線LAN しかない環境で便利そう。

Heathrow 空港から Cambridge への長距離バス(coach という) を予約した。National Express という会社。元は国営だったらしいが、日本の国鉄と同じく民営化されたという。驚くべきことにイギリス国外への路線もあり、遠い所ではミュンヘンやミラノ行きもあ…

Improving experimental phases for strong reflections prior to density modification Acta Cryst. (2013). D69, 2039-2049 を読んだ。とりわけ強い反射数百個の位相を遺伝的アルゴリズムで改善してから DM することで、綺麗な map が得られるという。アイ…

26日の渡英は、名古屋発フランクフルト経由ヒースロー着のルフトハンザ航空便である。到着が夕方になるので、ヒースロー空港周辺のB&Bで一泊して、翌朝に長距離バス coach でケンブリッジに向かうことにした。booking.com というサイトで検索して予約した。 …

留学準備中につき、更新停滞中。遡及的に記録をメモしている。日記の日付と執筆日時は一致しない。9月19日に、京都の下宿を引き払った。台風19号で御陵駅が水没した影響により山科に地下鉄で出ることができず、京都駅から東海道線に乗った。今出川通りを農学…

続けて反射の epsilon factor についても確認した。これも、空間群と指数の関数である。ある反射の epsilon factor とは、cctbx のソースコード cctbx/sgtbx/space_group.h で The factor epsilon counts the number of times a Miller index h is mapped on…

反射の多重度 multiplicity について確認した。これは、空間群と指数の関数である。ある反射の multiplicity とは、逆空間の対称性によってその反射に重なる反射がいくつあるかを言う。逆に言うと、その反射に対称操作を適用した時、何通りの逆格子点に移る…

cctbx で空間群を扱うには、sgtbx (Space Group Tool BoX) を使う。まず、空間群の一般的情報を space_group_symbols オブジェクトから引き出してみる。 from cctbx.sgtbx import * P2 = space_group_symbols("P2") P2.number() # 3 P2.schoenflies() # C2^1…

Protein Data Bank から、PDB ファイルと構造因子をローカルに一式ダウンロードした。world wide PDB の Data Download Details には rsync によるミラーリング法が紹介されているが、ポートの関係で大学のネットワークからは動作しなかった(前はできたと思…

Patterson 図における Harker section とは、空間群の対称操作によって関連付けられる原子同士の差ベクトル (self vector) が出現する平面である。例えば空間群 P2 では、 演算子 実空間 元の点との差ベクトル I (恒等操作) (x, y, z) (0, 0, 0) 2 (b 軸に一…

ドッキングシミュレーション等で、二つの分子表面の相補性の良さを計算することがある。Katchalski-Katzir algorithm では、これを FFT を使って高速に行う。三次元空間において、蛋白質Aの表面なら1,外部なら0という関数 を考える。同様に、蛋白質Bについて…

同型置換法では、蛋白質のみ(native; P) と蛋白質の重原子誘導体(PH) の反射強度を測定し、ここから重原子の構造因子(H)を推定するのが第一歩となる。この時、二つの反射強度を同じスケールに載せる必要があり、そのためのプログラムとして SCALEIT や FHSCA…

Inkscape で矢印を描く - biochem_fan's noteで書いたように、Inkscape で矢印をつくるテクニックを身につけたので、もう1つ作図した。任意の物体による波動の散乱が、散乱体の密度のフーリエ変換になることの確認である。図のように、左から完全に並行でコ…

http://sbsp.jp/sbsp/Sb/ で、構造生物学坂部プロジェクトの機関誌「構造生物」(1995-2005)を読むことができる(OCR らしく、誤字が散見されるのはご愛嬌)。私は昔のこういう文献を読むのが好きだ。Original paper はもちろん、その後に書かれたレビューや裏…

論文を読んで多少なりとも感じたことがある時は、記録を残していくことにする。Generation, representation and flow of phase information in structure determination: recent developments in and around SHARP 2.0 Acta Cryst. (2003) D59 を読んだ。exp…

先日、Randy Read 氏の outlier rejection の論文 "Detecting outliers in non-redundant diffraction data" Acta Cryst. (1999). D55 を読んだ。予想される分布より 6SD 離れた観測を外れ値として考えている。ガウス分布の 6SD なので、p値 は に対応する。…

experimental phase も MR による phase も使える。DM のアルゴリズムは charge flipping。solvent 領域の決定は、sphere of influence。アシメの各点につき、そこから半径 2.42Å の球を描いて、表面の電子密度の variance を計算する。2.42Å は 1,3-distanc…

1つ前で、xray.scatterer が散乱体を表すことを確認した。実際の PDB ファイルから座標を読み込んでみよう。今回の元ネタは、cctbx Newsletter の "IUCr Computing Commission No. 7, 2006/11" である。PDB ファイルの読み込みには、iotbx.pdb を用いる。PDB…

xray.scatterer は、散乱体、すなわち原子を表す。原子のもつべき属性としては、原子番号・座標・occupancy・温度因子(isotopic or anisotopic)などがある。 from cctbx import xray si = xray.scatterer(label="Si", site=(1/2., 1/2., 1/3.), u=0.2) # u …

個人的には cctbx の設計はどうも直感的ではないのだが、業界の de facto standard になりそうなので、土地勘を身につけていきたい。なんとなくいじっていた部分も含めて、0から再スタートしてみる。ドキュメントが少ないことが公式メーリングリストでも話題…