1つ前で、xray.scatterer が散乱体を表すことを確認した。実際の PDB ファイルから座標を読み込んでみよう。今回の元ネタは、cctbx Newsletter の "IUCr Computing Commission No. 7, 2006/11" である。PDB ファイルの読み込みには、iotbx.pdb を用いる。PDB…

xray.scatterer は、散乱体、すなわち原子を表す。原子のもつべき属性としては、原子番号・座標・occupancy・温度因子(isotopic or anisotopic)などがある。 from cctbx import xray si = xray.scatterer(label="Si", site=(1/2., 1/2., 1/3.), u=0.2) # u …

個人的には cctbx の設計はどうも直感的ではないのだが、業界の de facto standard になりそうなので、土地勘を身につけていきたい。なんとなくいじっていた部分も含めて、0から再スタートしてみる。ドキュメントが少ないことが公式メーリングリストでも話題…