2013-07-18から1日間の記事一覧

Ramachandran plot について

Ramachandran plot の outlier の基準は、PDB登録数が増えれば、それに応じて改訂されるべきものである。印象としては、Coot は厳しく、Molprobity は寛容、PROCHECK は中間。ccp4bb の2007年のこの発言によると、PROCHECKはオワコン、Molprobity を使ってお…

英語と漢語

文語的で、現代語からはほとんど絶滅してしまったような単語が、かえって英語のニュアンスを正確に反映していることがある。「孜孜として」(ししとして)ほど "diligently" という語にぴったりくる訳はないだろう。許す・赦す・宥す・恕すと、allow, permit, …

結晶学的 R factor と統計学におけるR^2

先日のラボ内勉強会で、決定係数 R^2 値(wikipedia)の話が出た。R^2 の定義は である。すなわち、モデルとデータの二乗残差をデータの分散で割って、1から引いたものである。結晶学におけるモデルとデータの適合度評価には、R factor(wikipedia) を用いる。…

価値観対立・利益相反

政治・宗教まで話を広げなくとも、大学の研究1つをとっても、価値観や利害は対立している。いずれ詳しく述べたいと思うが、実験系 wet の研究者と解析 dry の研究者では価値観が異なる。dry の研究者の中にも、実務的な仕事を好むものもいれば、理論構築を好…

気分の定量化

本日も気分優れず。万事、剣呑な感じがする。統計学を趣味とする後輩に気分が2-3週間の周期で変動するという話をしたら、日々の気分を定量化して、時系列分析を行ったら有用ではないかと言われた。彼に言われるまでもなく、以前この試みを実行に移そうとした…