平均や分散やRMSD(Root Mean Square Deviation)といった量は、要素ごとに何かを合計したものを最後に要素数で割ることで計算する。したがって、大きく異なる要素が数個あっても、全体数が多ければ、その影響は覆い隠されてしまう。何をもって「異なる」とい…

可視化のポイントは、余計なものをいかに省いて要点だけを際立たせるかである。類縁の蛋白質の構造を重ねて比べた図はよく論文で見かけるが、PyMOL のデフォルト設定のままでは cartoon 表示の帯が太すぎて奥の部分を隠してしまい、全体像がつかみにくくなっ…

これはメモ。たぶん間違いを含んでいる:確率分布(=関数)を一つの点として考える。例えば一次元の正規分布を考えると、平均とSDという二つのパラメータがあるので、その全体は二次元空間に分布している。 標本分布がある。ノイズとかがあるので、標本分布の全…